В поздневизантийский период, особенно в XIII в., церковное строительство на полуострове Мани продолжалось интенсивно вопреки историческим обстоятельствам и постоянной борьбе местного населения с латинскими завоевателями. Однако Меса-Мани в качестве центра церковного зодчества постепенно уступило место Като-Мани и Эксо-Мани, где в XIV–XV вв. (главным образом, в Эксо-Мани) сооружали здания под влиянием архитектуры Мистры. Постройка церкви Епископи в селе Айос-Еорьос на рубеже XII и XIII вв. (около 1200 г.) связана с местным архонтом Георгием Демоноянном. Исследователи отмечают, что использование различных архитектурных приёмов (техники «клуазоне» только в кладке купола, определённый способ подгонки квадров красного мрамора, вставленные в стены декоративные сосуды, полихромия) предвосхищают стилистические поиски XIII в. и более позднего времени. Благодаря близости административного центра полуострова, замка Тигани, в резном декоре и во фресках церкви Епископи заметно константинопольское влияние. В первой половине XIII в. были построены Влахернская церковь в Мезапосе и церковь Пресвятой Богородицы «Одигитрия» в Айия-Кириаки, названия которых напоминают исследователям одноимённые святыни Константинополя. Церковь Влахерны (первое десятилетие XIII в.) представляет собой вариант простого 4четырёхколонного храма типа вписанного креста (исследователи отмечают, что отсутствие окон на фронтонах и кладка из отёсанных камней придают этой небольшой постройке строгость и живописность). Влахернская церковь послужила, по мнению исследователей, образцом для храма Пресвятой Богородицы «Одигитрия» (известный как «Агитрия») – об этом свидетельствуют её композиционные особенности, соответствие планировки и декор фасадов. Мраморный пол, мраморные детали здания и фрески составляют изысканное убранство интерьера. В середине XIII в. был построен храм святого Иоанна Предтечи в селе Керия (типа вписанного креста, без выделения вим). Исследователи отмечают, что его купол следует средневизантийской традиции, так же как и восточный фасад с кладкой «клуазоне», однако конструкция арок и свода свойственны поздневизантийской эпохе. Оригинальная полусфера купола с двумя рёбрами в форме креста выполнена из продолговатых отёсанных камней. Античные и средневизантийские мраморные сполии, вставленные в фасады, создают уникальный для Меса-Мани ансамбль, где господствуют разнообразие стилей и живописность их исполнения. Церковь Бесплотного (т.е. архангела Михаила) в Каковуно исследователи датируют второй половиной X в. или первой половиной XI в., однако не характерные для средневизантийской архитектуры детали ставят перед исследователями вопрос о её постройке в середине XIII в. Исследователи отмечают, что в пользу этой гипотезы свидетельствует выбор типологической разновидности храма – двухстолпного вписанного креста.