Однако у исследователей возникает вопрос: в какой степени обвинения в мессалианстве, выдвигавшиеся против некоторых представителей Церкви Востока вплоть до конца VIII в., позволяют говорить о наличии в ней мессалианства в точном значении этого термина? Проблема до сих пор не имеет окончательного решения. Упоминания о мессалианах, отождествлявшихся с богомилами, вновь появляются в византийских источниках лишь с конца XI в. Исследователи отмечают судебные процессы против ряда лиц, считавшихся мессалианами, в том числе посмертное осуждение на Константинопольском Соборе 1140 г. монаха Константина Хрисомала (конец XI – первая половина XII в.), обвинённого в мессалианстве или богомильстве. Вопрос о возможном влиянии мессалиан на богомилов решается исследователями по-разному: от полного отрицания исторической связи между двумя ересями и характеристики обвинений в мессалианстве лишь как общих мест, характерных для византийской литературы, до признания того, что мессалианство могло опосредованно (через павликианство) влиять на богомильство. Открытым остаётся и вопрос о возможном влиянии некоторых мессалианских идей и практик на исихазм. На основе сопоставления разновременных текстов исследователи могут описать основные положения мессалианской доктрины и показать связь между ними. 1. После того как пали Адам и Ева, в каждом человеке с момента рождения воипостасно и сущностно обитает дьявол, который вместе с демонами обладает властью над его умом и влечёт человека к злым делам. Согласно одному из пунктов, приводимых Иоанном Дамаскином, мессалиане учили о том, что Святой Дух и сатана сообитают в человеке. Поскольку человеческая душа причастна духам зла, грех смешан с ней даже после крещения. 2. Крещение не отсекает корней греха и никого не делает совершенным. По этой причине оно (как и другие таинства) бесполезно. 3. Только прилежная и продолжительная молитва, соединённая с суровыми аскетическими подвигами, способна уничтожить корни греха и изгнать демона. 4. После изгнания демона происходит вселение Святого Духа в человека, описываемое терминами «явление», «пришествие» или «вхождение». Общение человеческой души с Небесным Женихом воспринимается ею как соединение жены с мужем. Человек принимает ипостась Святого Духа и обретает бесстрастие. 5. Мессалиане, став совершенными (или духовными), могут телесными очами созерцать Святую Троицу. Человек, пребывающий в состоянии совершенства, не нуждается в аскетических упражнениях и уже не может отпасть от этого состояния. Тем не менее, поскольку данные источников (изначально предвзятых) о мессалианах разрозненны, любые попытки реконструкции мессалианской доктрины будут в значительной степени условными. См. также Евхитство.