Наиболее ярким вкладом Маркелла в историю славянской гимнографии, по мнению исследователей, стала основанная им традиция составления азбучных канонов. Раньше трудность применения славянского азбучного акростиха в канонах была связана с бо́льшим количеством и нестабильным порядком букв в славянской азбуке по сравнению с греческим алфавитом и относительной жёсткостью канонной конструкции: в греческих канонах алфавитный акростих составляли 24 небогородичных тропаря, по три в восьми песнях. Маркелл заметил, что славянская азбука наиболее стабильна в своём начале, и эта стабильная часть включает 28 букв от «А» до «Щ». Маркелл разместил 28 славянских букв в семи песнях по четыре тропаря, включая богородичны, а в девятой песни поставил подпись. Именно простота и изящество такой конструкции обусловили многократные заимствования. Традиция азбучных канонов развивалась до XVIII в. Исследователям известно 25 славянских азбучных канонов, большинство из которых русские, а самый поздний – болгарский. Все славянские азбучные каноны текстологически взаимосвязаны, однако они следуют образцам в разной степени, что объясняется сложностью формы. Тем не менее, развитие традиции азбучных канонов шло по пути отхода и освобождения от образцов – канонов Маркелла, что достигалось, прежде всего, изменением акростиха: исследователи отмечают, что азбучные каноны XVII в. более разнообразны в акростихе и инципитах, чем каноны XVI в. Наиболее распространено было продолжение азбучного ряда в девятой песни канона. Однако ни один из продолженных азбучных рядов не получил такого признания, как азбучный ряд Маркелла. Не всем авторам удавалось подписаться в соответствии с образцом, что создаёт для исследователей определённые сложности при прочтении ряда подписей. На основе произведений Маркелла создавались также песнопения и службы, не имеющие акростихов (преподобным Кассиану Угличскому, Пахомию Нерехтскому, Савве Крыпецкому, Паисию Угличскому, «Ина» служба преподобным Варлааму и Иоасафу Индийским). Столь широкое использование русскими гимнографами песнопений Маркелла свидетельствует об их соответствии литературным вкусам эпохи. Причём произведения Маркелла почти сразу становились образцами (например, для служб Савве Крыпецкому, Серапиону Новгородскому, праведному Иакову Боровичскому). Наиболее последовательно гимнографические приёмы Маркелла осваивал соловецкий книжник инок Сергий (Шелонин). Творчество Маркелла связано и с сербской литургической поэзией – службами святым Арсению и Савве Сербским, Собору Сербских просветителей. Благодаря развитию форм славянского акростиха гимнографическое творчество Маркелла исследователи считают заметной вехой в истории не только русской, но и всей славянской гимнографии XVI–XVIII вв. Маркелла часто считают автором моделей для распевания кафизм на утрене, при этом исследователи основываются на сведениях трактата XVII в. «Предисловие, откуду и от коего времени начася быти в нашей рустей земли осмогласное пение» (Российская национальная библиотека).