Во время оккупации М.Ф. Оксиюк оставался в Киеве и возобновил работу в библиотеке Академии Наук (до 8 марта 1942 г.). Его жена, Наталья, была дочерью протоиерея Михаила Елдинского, настоятеля церкви святых Бориса и Глеба на Подоле в Киеве. В семье Оксиюков было двое детей: сын Глеб (род. в 1918 г.) и дочь Татьяна (род. в 1925 г.). 30 мая 1942 г. супруга погибла, сбитая автомобилем. Незадолго до смерти она советовала мужу принять священный сан (исследователи полагают, что это обстоятельство повлияло на решение М.Ф. Оксиюка стать священником. 5 июля 1942 г. он был рукоположён во диакона, на следующий день – во иерея управляющим Киевской епархией епископом Пантелеимоном (Рудыком). До 1943 г. служил настоятелем Покровской церкви на Подоле, а в 1943–1945 гг. – настоятелем Димитриевской церкви на Подоле в сане протоиерея. К 15 марта 1945 г. под началом председателя Совета по делам РПЦ при Правительстве СССР Георгия Григорьевича Карпова была разработана программа мероприятий по «пресечению влияния» Ватикана на послевоенную Европу. Предполагалось, что Русская православная церковь «может и должна сыграть значительную роль в борьбе против римско-католической церкви (и против униатства), ставшей на путь фашизма», в частности, путём присоединения к Русской православной церкви униатов. Совет предлагал организовать во Львове православную епархию, предоставить епископу и всем священнослужителям епархии право на проведение миссионерской работы, организовать внутри униатской церкви инициативную группу, которая должна будет декларативно заявить о разрыве с Ватиканом и призвать униатское духовенство к переходу в православие. В письме Г.Г. Карпова главе Правительства УССР Никите Сергеевичу Хрущёву от 20 апреля 1945 г. указано, что обращение патриарха Московского к униатскому духовенству, воззвание Инициативной группы, материалы львовских «Епархиальных ведомостей», а также соответствующие проповеди должны «способствовать скорейшему разложению униатской церкви» и переходу униатского духовенства в православную церковь. Изначально на новую кафедру планировалось поставить епископа Донецкого и Ворошиловградского Никона (Петина), однако, учитывая традиционно высокий уровень образования униатского духовенства и иерархии, а также важность того, чтобы кандидат был уроженцем западных областей Украины и говорил на западно-украинском диалекте, новым епископом был определён священник Михаил Фёдорович Оксиюк, который наилучшим образом соответствовал предъявленным к кандидату на кафедру требованиям. В апреле 1945 г. указом патриарха Московского и всея Руси Алексия I (Симанского) и Священного Синода Русской православной церкви М.Ф. Оксиюк был определён епископом Львовским и Тернопольским. 19 апреля 1945 г. он прибыл в Москву для представления в патриархию и в Совет по делам Русской православной церкви. 20 апреля принял постриг с именем Макарий. 22 апреля 1945 г. в соборе Богоявления в Елохове состоялась епископская хиротония Макария, которую возглавил патриарх Алексий I (Симанский) в сослужении экзарха Украины митрополита Киевского и Галицкого Иоанна (Соколова) и епископа Кишинёвского и Молдавского Иеронима (Захарова). Согласно указу патриарха, в обязанности Макария входило также административное и духовное руководство приходами Станиславской и Дрогобычской областей. Всего в это время в западных областях УССР (на территории Галиции) насчитывалось не больше десятка православных приходов.