В 1947 г. на так называемые новые польские земли, в северные и западные районы Польши, в рамках военно-административной операции по перемещению населения непольского происхождения «Висла» были переселены больше 130 тыс. человек, среди них – значительное число греко-католиков и православных. В апреле 1952 г. польскими властями было принято постановление, регулировавшее статус украинского населения в Польше. К маю 1952 г., ссылаясь на требования митрополита Николая (Ярушевича) и Московского патриархата, Макарий (Оксиюк) внёс предложение открыть 50 православных приходов в западных районах Польши. На рубеже 1952 и 1953 гг. были устроены православные приходы не меньше чем в десяти городах, в том числе осваивались пустовавшие протестантские немецкие церкви, а с 1957 г. также брошенные после 1947 г. церкви и другие объекты, принадлежавшие раньше греко-католикам. Открытие новых приходов было неотделимо от деятельности по присоединению греко-католиков к православной церкви. Макарий (Оксиюк) проводил миссионерскую деятельность среди украинцев и русинов греко-католического вероисповедания. Макарий (Оксиюк) не был сторонником использования польского, украинского и белорусского языков как в издательской, так и в богослужебной деятельности, назначал на приходы, где преобладали украинцы, священнослужителей, не владевших украинским языком, опасаясь обвинений в потворстве украинскому национализму. Во второй половине 1950 гг. Макарий (Оксиюк) предпринимал шаги, направленные на поддержку православных украинцев. Так, в 1956 г. под его руководством «для надлежащей подготовки воспитанников семинарии к будущей пастырской работе между украинским населением» была введена новая учебная программа для Варшавской духовной семинарии, которая включала изучение украинского языка. Усилия Макария (Оксиюк) по присоединению униатов к православию польские власти признали недостаточными, обвинив его в нежелании разрабатывать «конкретный план действий» и активизировать «политическую работу». В Управлении по делам религий также полагали, что Макарию (Оксиюку) не удалось завоевать ни авторитет у епископов и духовенства, ни симпатии верующих. Причинами недовольства Макарием (Оксиюком) могли стать общий курс польских властей на постепенное вытеснение советских граждан из руководства (Макарий (Оксиюк), не являвшийся гражданином Польши, воспринимался как ставленник Москвы), а также его нежелание активно сотрудничать с властями. С 1957 г. польские власти готовились сместить Макария (Оксиюка) с церковного руководства и заменить его священнослужителем, имеющим польское гражданство или служившим в Польской церкви до Второй мировой войны и находившимся в эмиграции. В конечном счёте, от этих намерений отказались, т.к. по состоянию здоровья Макарий (Оксиюк) фактически отходил от управления церковью. В 1959 г. его здоровье резко ухудшилось, лечился он в Москве. 8 декабря 1959 г. Макарий (Оксиюк) подал прошение об уходе на покой. Временным управляющим Польской церковью был назначен архиепископ Тимофей (Шреттер). 23 апреля 1960 г. Макарий (Оксиюк) выехал в Москву на лечение, в течение двух месяцев находился в больнице имени Сергея Петровича Боткина, а оттуда по благословению патриарха отбыл на лечение и отдых в одесский в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь. В августе 1960 г. митрополит Илия (Карам) вручил Макарию (Оксиюку) орден Антиохийского патриархата святых апостолов Петра и Павла («Гранд Офисье»). Похоронен Макарий (Оксиюк) на братском кладбище Успенского монастыря. Чин погребения возглавили митрополит Херсонский и Одесский Борис (Вик) и архиепископ Тимофей (Шреттер). Епископ Ярославский и Ростовский Никодим (Ротов) назвал почившего добрым воином Христовым, «служившим в тех местах, где лжебратия старались и стараются отторгнуть православных людей от Святого Православия».