В 1914 г. М.Ф. Оксиюк защитил магистерскую диссертацию «Эсхатология святителя Григория Нисского: Историко-догматическое исследование» (был удостоен степени магистра богословия и утверждён в должности доцента; в том же году работа была опубликована). По отзыву Сергея Леонтьевича Епифановича, это сочинение стало «крупнейшим исследованием в области христианской эсхатологии» в отечественной духовной литературе, «колоссальным трудом» и «высокоценным научным построением» (из русских исследователей предшественниками М.Ф. Оксиюка в разработке темы были А.В. Мартынов, Виктор Иванович Несмелов и Дмитрий Иванович Тихомиров). По мнению М.Ф. Оксиюка, «развитие теологии в истории Христианской Церкви началось с эсхатологии…, учения о втором пришествии Христа и мировых событиях, следующих непосредственно за ним». В диссертации помимо разбора эсхатологии Григория Нисского содержится подробный обзор развития эсхатологии в греческой патристической письменности – от мужей апостольских до пятого Вселенского Собора. М.Ф. Оксиюк анализировал учение о телесной смерти и бессмертии души, об участи праведников и грешников, о Втором пришествии Христа, всеобщем воскресении, суде и конечных судьбах мира в сочинениях Иринея Лионского, Ипполита Римского, Климента Александрийского, Оригена, Мефодия Патарского, святителей ВасилияВеликого, Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Епифания Кипрского и др., без рассмотрения христологии Александрийской и Антиохийской школ. По замечанию С.Л. Епифановича, «Оксиюк учёный очень осторожный, сдержанный на выводы». М.Ф. Оксиюк придерживался компромиссной позиции в оценке учения Григория Нисского об апокатастасисе как о «восстановлении всего в первобытное состояние», «восстановлении познавательных сил человека в то состояние правильного отношения к истине, в каком они вышли из творческих рук своего Создателя». Считая Григория Нисского, скорее, сторонником полного апокатастасиса в оригеновском духе, мнение святого о временном и очистительном характере адских мучений М.Ф. Оксиюк предлагал не понимать буквально по причине его особого возвышенного и умозрительного характера. М.Ф. Оксиюк показал, что адские мучения, по мысли Григория Нисского, не только наказание грешников, но и средство уврачевания их от грехов, что благость Божия спасёт не только грешных людей и демонов, но и самого дьявола «в их первобытном состоянии нравственной чистоты и блаженства», а зло, несущее в себе начало саморазрушения, некогда будет упразднено. В 1917 г. М.Ф. Оксиюк был избран и утверждён экстраординарным профессором Киевской духовной академии. В 1918–1922 гг. также состоял доцентом в Киевском университете святого Владимира (с 1920 по 1926 гг. Высший институт народного образования), читал лекции по истории Византии. После закрытия Киевской духовной академии с 1922 г. преподавал в средних учебных заведениях Киева историю и иностранные языки, работал дворником и сторожем. С 1926 г. был научным сотрудником отдела старопечатных изданий, заведующим отделом книгохранилища в библиотеке Академии Наук УССР, занимался старинной гравюрой. Подготовил одобренный к печати «Сводный каталог иностранной периодики в библиотеках г. Киева» (1933 г.). В 1933 г. был уволен, «как бывший профессор Киевской духовной академии, который может вредить советизации Всенародной библиотеки Украины». С 1934 по 1937 гг. работал секретарём льноуправления Киевского областного земельного отдела. С 1938 по 1941 гг., будучи беспартийным, занимал значительные посты в Народном комиссариате земледелия УССР.