В апреле 1180 г., уже будучи болен, Мануил I Комнин предложил Синоду рассмотреть новый томос, в котором обосновывалось изменение текста чина крещения для мусульман, переходящих в православие, состоящее в изъятии из него упоминания об анафеме богу Мухаммада («Анафема богу Мухаммада, о котором он говорит, что он есть бог, который не рождал, не был рождён»; цитата из 112-й суры Корана). Предполагая, что тем самым, хотя бы и косвенно, подвергается анафеме Бог Творец, Мануил I Комнин заявлял, что это упоминание служит соблазном для переходящих в христианство. Вопрос несколько раз обсуждался Мануилом I Комнином и Синодом в составе большого числа архиереев; император предлагал пространные и краткие варианты определения с аргументацией в пользу изменения чина крещения. Патриарх Феодосий I Ворадиот и большинство деятелей церкви упорно сопротивлялись этой реформе. Особенно резко против нововведения выступил знаменитый ритор митрополит Евсторгий Фессалоникийский, который заявил императорскому секретарю: «Мозг в моей голове был бы попран ногами…, если бы я признал истинным Богом скотоподобного деторастлителя, учителя и наставника на все гнусные дела». Окончательное решение было компромиссным. Мануил I Комнин и Синод согласились убрать упоминание об анафеме богу Мухаммада, но вставить анафему Мухаммаду, его учению и всем его последователям. Отношение Мануила I Комнина к монашеству обозначило ряд существенных проблем монашеской традиции в Византии XII в. Исследователями отмечено, что современники Мануила I Комнина нередко весьма критично относились к образу жизни монахов; снизился авторитет монастырей, подвижников и святых в это время. Исследователи полагают, что, пытаясь найти решение этих проблем, Мануил I Комнин основал монастырь архангела Михаила в Катаскепи, недалеко от Константинополя, на берегу Чёрного моря. Монастырь был лишён земельных владений и должен был существовать как самостоятельный центр духовной жизни, независимый от знатных ктиторов. При отсутствии имений монахи были освобождены от управленческих функций и должны были полностью посвятить себя молитве. Мануил I Комнин также вкладывал большие средства в реставрацию древних монастырей и при этом препятствовал основанию новых, в чём современники видели его значительное отличие от прежних императоров. Впрочем, названия монастырей, восстановленных Мануилом I Комнином, в источниках почти не сохранились Исследователям известно лишь о покровительстве Мануила I Комнина монастырю святого Маманта близ Константинополя. В 1169 г. Мануил I Комнин организовал перенесение из Эфеса в Константинополь камня оплакивания, на который, по преданию, было положено тело Христа после снятия Его с Креста. Мануил I Комнин нёс святыню на плечах в процессии по Константинополю. Камень был помещён в церкви Богородицы Фара близ Большого дворца в Константинополе (после смерти Мануила I Комнина его перенесли в монастырь Пантократора).