Николай IV Музалон пытался защищаться от обвинений и вступал в прямую полемику с Мануилом I Комнином, который регулярно присутствовал на заседаниях Синода. Николай IV Музалон высказывал мнение, что епископ, однажды рукоположённый, сохраняет свой сан до смерти независимо от каких-либо обстоятельств, однако это не убедило императора и Синод. Изменившееся отношение Мануила I Комнина к патриарху предопределило исход этих диспутов. В феврале 1151 г. Николай IV Музалон был принуждён к отречению, и его сменил Феодот II. Фактически инциденты 1147 и 1151 гг. показали, что Константинопольская церковь того времени не имела каких-либо действенных механизмов смены патриарха в случае необходимости, а также если патриарх не желал добровольно уйти на покой. В основном, церковь полагалась лишь на политическую волю государственной власти, и с этой точки зрения, вмешательство Мануила I Комнина было единственно возможной и приемлемой для всех формой взаимоотношений церкви и государства. Со смертью Феодота в 1153 г. патриарший престол некоторое время оставался вакантным. Осенью 1154 г. патриархом был избран Неофит I, но он отрёкся от престола ещё до интронизации. Следующим патриархом стал Константин IV Хлиарин (1154–1157 гг.), который умер спустя краткое время. Важнейшим событием этих лет стала дискуссия партии диаконов собора Святой Софии Сотириха Пантевгена, Никифора Василаи и епископа Николая Мефонского о смысле литургического выражения «Ты бо еси Приносяй и Приносимый, и Приемляй и Раздаваемый, Христе Боже наш» и Собор 1156–1157 гг. (см. ст. Константинопольские Соборы). Несмотря на серию острых внутрицерковных конфликтов, Мануил I Комнин последовательно сохранял направление государственной политики по поддержке клира и иерархии. В июле 1146 г. издал хрисовул, которым монастыри Константинополя и его окрестностей получали право владения земельными угодьями, даже если у них раньше не было надлежащих документов, подтверждавших их права. Подобные привилегии в 1148–1158 гг. после издания нескольких новых хрисовулов получили епископские храмы, собор Святой Софии и монастыри Константинополя. В конце 1150 гг. епископ Николай Мефонский в панегирике Мануилу I Комнину благодарил императора за освобождение клира от уплаты налогов. Некий поворот в политике Мануила I Комнина обозначился в ноябре 1158 г. с изданием хрисовула, которым отменялись его прежние императорские акты, если они не соответствовали действующим законам. В частности, это означало отмену и ряда привилегий монастырей и церковных кафедр, которыми они пользовались в предыдущий период, особенно в вопросах не вполне законного, не подтверждённого документально владения землями. С этого времени Мануил I Комнин стал строже относиться к раздаче привилегий; в позднейших хрисовулах неоднократно заявлял о верховенстве закона и об обязанности императора им руководствоваться. Простагмой 1173 г. предписывалось провинциальным епископам, которые подолгу находились в Константинополе без причины, немедленно покинуть столицу. Кроме того, исследователи отмечают, что в последние 15 лет своего правления Мануил I Комнин несколько изменил отношение к богословию.