Будучи широко образованным и, по уверению современника Никиты Хониата, обладая даром красноречия, Мануил I Комнин стал все больше внимания уделять богословию. Если в первые десятилетия своего правления он имел склонность видеть в богословии лишь развлечение в периоды между делами войны и дипломатии, то теперь начал воспринимать его как основу всех своих интересов. В начале 1170 гг. по заказу Мануила I Комнина великий друнгарий Андроник Каматир подготовил трактат «Священное всеоружие», составленный из цитат святых отцов, раскрывающих суть православного вероучения и многочисленных ересей. При дворе Мануила I Комнина в этот же период были созданы «Богословские главы» Михаила Глики, а патриарший хартофилакс Антиохийский патриарх Феодор Вальсамон начал работу над большим собранием толкований церковных канонов. В комментариях Феодора Вальсамона проявились некоторые тенденции развития взглядов Мануила I Комнина в последние годы его правления. Феодор Вальсамон с готовностью оправдывал вмешательства императора в дела церкви, полагал избрание патриархов по воле императора естественным, считал, что император вправе судить патриарха, отступившего от веры, поскольку император является одновременно эпистемонархом (букв. – начальник дисциплины). Последний термин, говорящий об особом статусе императора в церкви и его расширенных правах, получил распространение и обрёл политический смысл в эпоху Мануила I Комнина. До середины XII в. понятие «эпистемонарх» использовалось лишь для обозначения монастырских служащих, следящих за внешним видом монахов и за порядком в хозяйстве монастыря. Впервые по-новому этот термин прозвучал в 1147 г. в синодальном акте о смещении патриарха Космы II Аттика. В нём сказано, что Мануил I Комнин провёл исследование этого дела «в силу своих полномочий эпистемонарха». Подобные упоминания о неких особых правах императора при Мануиле I Комнине встречаются в документах неоднократно. Нововведения означали существенное расширение полномочий императора в церкви. Теоретическое осмысление нововведений происходило уже спустя десятилетия после смерти Мануила I Комнина. В сохранившихся византийских канонических сочинениях наиболее полно претензии Мануила I Комнина обобщили Феодор Вальсамон и Димитрий Хоматиан в конце XII – начале XIII вв. Согласно им, император председательствует на Соборах и придаёт их решениям законную силу, утверждает церковную иерархию, издаёт законы о поведении и статусе чинов духовенства всей церкви, производит замещение вакантных кафедр, перестановку епископов, может менять статус кафедры в церковной иерархии. Отголоски этой церковно-политической концепции исследователи встречали в различных документах XIII в., однако в связи с крахом византийской государственности эти идеи не получили развития. Наиболее значительным церковным деятелем эпохи Мануила I Комнина стал Константинопольский патриарх Лука Хрисоверг (1157–1169/1170 гг.).