Длительный срок его пребывания на престоле говорит о том, что в этот период после десятилетий поисков Мануил I Комнин, наконец, обрёл в лице патриарха достойного духовного пастыря, чья деятельность была полезна и для церкви, и для Комнинов. Тем не менее, взаимное уважение между императором и патриархом не исключало споров по ряду вопросов политики и права. Не позже 1160 г. при дворе Мануила I Комнина возник богословский спор об отношении к евангельскому изречению Христа «Отец Мой болий Меня» (Ин. 14:28), который стал крупнейшим событием общественной и церковной жизни Византии этой эпохи. Начало спору было положено на собеседованиях Мануила I Комнина со своим другом Гуго Этерианом, латинским богословом и дипломатом. В отличие от предыдущих конфликтов, которые появлялись в среде образованного константинопольского клира, эти богословские разногласия были выявлены в императорском дворце. Оппонентом Гуго Этериана и главным выразителем традиционного учения стал византийский дипломат Димитрий Лампский, который неоднократно бывал на Западе, был знаком с различными идеями католической схоластики, и Мануил I Комнин был вовлечён в ход споров в гораздо большей степени, чем во всех предыдущих случаях. Он фактически выступил сторонником Гуго Этериана и в ходе обсуждения проблемы и выработки общецерковного решения проявил большую настойчивость, лично добиваясь принятия близкого ему мнения, которое первоначально поддерживало меньшинство константинопольских интеллектуалов. Исследователи полагают, что Мануил I Комнин при помощи ближайших советников формулировал богословскую доктрину, подбирал необходимые для её обоснования выдержки из трудов отцов церкви, готовил оформление государственного законодательства в соответствии с принимаемым богословским решением. Важнейшими помощниками Мануила I Комнина в этот период были хартофилакс Иоанн Агиофеодорит, вероятный автор ряда других соборных документов, а также протекдик (председатель церковного суда) Михаил Анхиал (Константинопольский патриарх Михаил III Анхиальский в 1170–1178 гг.). Вопрос о соотношении Отца и Сына обсуждался в храмах, частных домах, едва не доходило до разговоров о возможном анафематствовании императора. Спор был разрешён на Константинопольском Соборе в марте 1166 г. За основу определения были положены выступления и сочинения Гуго Этериана. Главный соборный акт, изданный от имени Мануила I Комнина, получил название «Эктесис». Мануил I Комнин и все его современники рассматривали его как важнейший законодательный акт своего времени. Текст «Эктесиса» был высечен на каменных плитах и помещён в соборе Святой Софии для всеобщего ознакомления (там же он находится в настоящее время). Принятая Собором богословская формула была вставлена в синодик Великой церкви, который зачитывается в праздник Торжества Православия. После Собора в течение нескольких лет происходили преследования не согласных с принятой доктриной.