После бедного событиями церковной истории правления императора Иоанна II Комнина приход Мануила I Комнина к власти обозначил резкую перемену в деятельности константинопольского клира и иерархии. С первых месяцев правления Мануил I Комнин проявил себя как очень инициативный лидер, активно и ревниво занимавшийся подбором кадров на важнейшие церковные посты и предлагавший Синоду различные варианты решения церковно-политических и богословских вопросов. В течение первых 15 лет правления Мануил I Комнин постоянно вмешивался в церковные дела, поставляя и сменяя Константинопольских патриархов. Исследователи полагают, что большинство архипастырей, побывавших на этом посту за это время, по тем или иным причинам не удовлетворяли Мануила I Комнина. В истории Константинопольской церкви до османской эпохи политику Мануила I Комнина в первую половину его правления исследователи считают почти уникальным примером столь частых смен патриархов в результате вмешательства императора. Вскоре после прибытия Мануила I Комнина в Константинополь летом 1143 г. фактически по его выбору был возведён на патриарший престол Михаил II Куркуас, монах из монастыря Оксия. В августе 1143 г. митрополит Василий Тианский в Каппадокии возбудил дело против двух подчинённых ему епископов, обвинив их в богомильстве, а также в том, что они были рукоположены с нарушением канонов. Константинопольский Синод разбирал это дело в октябре 1143 г. и объявил о низложении епископов. Был осуждён за богомильство также монах Нифонт, который выступал в защиту епископов (окончательно его осуждение было подтверждено Синодом в феврале 1144 г.). Активное участие двора Мануила I Комнина в этих событиях подчёркивалось присутствием на заседаниях великого друнгария (командующего флотом) Константина Комнина, императорского протасикрита Льва Иканата, а также архиепископа Охридского Иоанна Комнина, который, как полагают исследователи, представлял в данном случае не столько свою кафедру, сколько правящую семью. На фоне обострения споров с богомилами в это же время Синод издал постановление, оправдывавшее сожжение богомилов по решению церковного суда, без санкции светских властей. В 1146 г. патриарх Михаил II покинул престол, и его сменил патриарх Косма II Аттик, который вскоре также вызвал крайнее недовольство Мануила I Комнина. По сведениям Никиты Хониата, Мануил I Комнин получил донос, что патриарх пытался устроить заговор, чтобы свергнуть Мануила I Комнина и посадить на трон его старшего брата Исаака. 26 февраля 1147 г. в константинопольском Влахернском дворце в присутствии Мануила I Комнина состоялся судебный процесс над патриархом. Косма II Аттик был обвинён в связях с прежде осуждённым Нифонтом и низложен. Его сменил Николай IV Музалон, настоятель константинопольского монастыря Космидион, который прежде был поставлен архиепископом Кипра, но отрёкся от этого престола из-за конфликтов с кипрскими чиновниками. Эти факты, особенно его отречение от епископского сана, через некоторое время стали причиной и его низложения. Исследователи полагают, что Мануил I Комнин благоволил к Николаю, но на этот раз был вынужден считаться с законными претензиями константинопольских канонистов к его возведению на патриаршество.