Почитание Маврикия и его спутников впервые засвидетельствовано в Агауне (епископство Октодур) в конце IV в. Евхерий Лугдунский и составитель анонимного Мученичества приписывали установление культа Маврикия Феодору, первому известному епископу Октодура, современнику Амвросия Медиоланского, принимавшему участие в Соборе в Аквилее 381 г. и в Медиоланском соборе 393 г. Исследователи полагают, что при обретении мощей Маврикия и других воинов Феодор действовал по примеру Амвросия Медиоланского, который в 386 г. открыл мощи мучеников Гервасия и Протасия. На рубеже V и VI вв. епископы Октодура, Генавы и Августы Претории возглавили перенесение мощей мученика Иннокентия в базилику, построенную Феодором на месте погребения мучеников. Бургундский король Сигизмунд воздвиг новый храм и основал при нём монашескую общину; торжественное открытие монастыря 22 сентября 515 г. возглавил святой Авит, епископ Вьеннский. Вскоре базилика была разрушена в результате оползня и восстановлена аббатом Амвросием около 520 г. Сведения о древнейших храмах, возведённых на месте погребения мучеников, удалось уточнить благодаря археологическим раскопкам, которые проводятся в аббатстве Сен-Морис с 1896 г. до настоящего времени. Во II–III вв. на левом берегу Роны, под отвесной скалой, находились священный источник и небольшое кладбище. Между серединой III в. и серединой IV в. над тремя могилами, которые, как полагают исследователи, пользовались особым почитанием, был возведён мавзолей (7,6×6,5 м в интерьере). Примерно во второй четверти IV в. к нему с трёх сторон были сделаны пристройки (около 13×10,6 м), предназначенные, как полагают исследователи, для размещения новых захоронений; по другой версии, это был христианский ораторий. К востоку находилось здание меньшего размера (также мавзолей, как полагают исследователи, или помещение для поминальных трапез), которое неоднократно перестраивалось. В последней четверти IV в. на месте большого мавзолея была построена одноапсидная базилика с южной галереей (исследователи отмечают, что в источниках возведение этого храма приписывается епископу Феодору). В начале V в. базилика была перестроена, поблизости воздвигнут баптистерий, связанный с храмом галереями-портиками. Вскоре после основания монастыря алтарную часть базилики расширили; к VI в. исследователи относят возведение зала для приёмов, очевидно составлявшего часть покоев аббата, а также двух церквей, служивших усыпальницами. В конце VI в. на месте главной базилики, в которой находились гробницы мучеников, был возведён новый, более обширный храм. В IX в. монашеская община Агона была преобразована в капитул секулярных каноников; к этому времени исследователи относят полную перестройку монастырских зданий. Сначала капитул возглавлял епископ Сьона (Зиттена), а с середины IX в. – светский аббат. В 888 г. в Агоне состоялась коронация Рудольфа I, графа Верхней Бургундии и аббата монастыря, который провозгласил себя королём Бургундии.