В этике Л.М. Лопатин всецело следовал традициям русской религиозной философии. Он понимал зло как обособление, эгоистическое самоутверждение отдельной личности, разрушающее органическую взаимосвязь субстанций, и, напротив, добро – как устремление к большему единству и взаимозависимости субстанций. Л.М. Лопатин считал, что выбор своего нравственного идеала каждая субстанция осуществляет свободно, и именно в этом выборе наиболее радикально проявляется свобода её воли. «Мировая гармония не есть принудительный рок, извне наложенный на существующее, – она должна быть свободным порождением реальных волевых центров жизни. И только в осуществлении такой свободной гармонии может состоять окончательная победа добра над злом». Исследователи отмечают, что одна из оригинальных черт этики Л.М. Лопатина – диалектическое понимание соотношения «альтруизма» и «эгоизма». Всё большее органическое единство субстанций не может и не должно означать умаления ценности отдельных субстанций, – наоборот, в органическом целом каждая субстанция должна с ещё большей полнотой раскрыть свои потенции и своё значение в бытии; «идеальная цель мира есть реализация полноты его бытия, т.е. всеобщей внутренней гармонии рядом с совершенством каждого индивидуального звена, его составляющего. Задача жизни – в её всепроникающей творческой организации». Такое представление о высших целях жизни близко к представлению об органическом единстве «метафизических существ» в философии В.С. Соловьёва («Чтения о Богочеловечестве»). Л.М. Лопатин предполагал, что Божественный замысел о полностью благом мире должен быть и непременно будет реализован через свободную деятельность всех существ-субстанций, которые должны добиться полного «просветления» собственной сущности, полного освобождения себя от несовершенства и зла. Но, конечно, это не может произойти просто и быстро; это, безусловно, невозможно в рамках краткой земной жизни. В силу этого, как утверждал Л.М. Лопатин, важнейшим принципом религиозной этики, без которого она не может быть непротиворечивой, является утверждение личного бессмертия (т.е. вечность всех сотворённых субстанций): «Часто высказывается мысль, что если и допускать бессмертие, то в форме совершенно безличной, в смысле слияния с природой и растворения в ней, а никак не в смысле сохранения нашей индивидуальности... Если совсем исчезнет личность, что тогда останется для бессмертия безличного, и что этими словами называть? Ведь надо помнить: наше индивидуальное «я» есть нечто абсолютно конкретное, ничем не заменимое и неподменимое, иначе сказать, всецело субъективное». Следование в этом вопросе за Готфридом Лейбницем приводит к тому, что Л.М. Лопатин расходился с православным учением о бессмертии. Он не сомневался, что жизнь души после смерти резко отличается от её земной жизни, тем не менее, признаёт, что в посмертном существовании каждая личность будет вовлечена в процесс борьбы за добро, как и в земной жизни: «...Жизнь каждого духа после смерти есть настоящая, реальная жизнь, которая при нормальных условиях есть бесконечный прогресс к высшему, хотя при упорном извращении воли она может стать постепенным падением и внутренним помрачением через возрастающую связь с низшими и тёмными потенциями бытия». Л.М. Лопатин мыслил посмертное бытие человека столь же динамическим, подверженным временному развитию, как и его земную жизнь.