Согласно Л.М. Лопатину, в непосредственном сознании какого-либо явления человек на самом деле воспринимает не только и не столько само это изолированное и текучее явление, сколько субстанциальное единство своего сознания, своей души, частной реализацией которой выступает указанное явление. Именно субстанциальное единство личного сознания служит той основой, на которой выстраивается многообразная, бесконечная система феноменов, фактов сознания. Более конкретными формами субстанциального единства души Л.М. Лопатин считал сознание реальности времени и собственной внутренней активности. На основании этих принципов Л.М. Лопатин решал проблему соотношения мира субстанций и мира физических объектов. Он утверждал, что последний всецело зависит от первого и творчески создан им. В этом пункте Л.М. Лопатин непосредственно развивал идеи Готфрида Лейбница и следовал традиции русского лейбницианства, заданной А.А. Козловым. Объекты и явления материального, физического мира в этой традиции теряют свою даже относительную самостоятельность и рассматриваются как «психические значки» творческих действий субстанций. Здесь перед Л.М. Лопатиным вставала проблема, характерная для любой системы такого типа: можно ли на основании познания материального мира что-либо утверждать об истинном бытии, о мире субстанций? Л.М. Лопатин настойчиво подчёркивал имманентность субстанции своим явлениям, неразрывное единство субстанции со своими творческими актами. Но это с неизбежностью ведёт к признанию возможности непосредственно переходить от познания мира явлений к метафизическому познанию мира субстанций. При таком предположении не может быть существенных противоречий между законами физического мира и «законами» мира субстанций, а формы их познания должны дополнять друг друга. Однако Л.М. Лопатин не конкретизировал смысл такого единства миров и взаимодополнительность их форм познания. Более того, он постоянно подчёркивал, что законы физического мира ничего общего не имеют с метафизическими закономерностями существования и творческой деятельности субстанций. В итоге, утверждая имманентность субстанции своим явлениям, по существу, Л.М. Лопатин остаётся приверженцем традиционной новоевропейской концепции субстанций, метафизическое познание которых ничего общего не имеет с физическим познанием материального мира и очень мало общего имеет с феноменологическим анализом сознания (в последнем случае единство субстанции и её феноменов проявляется только в анализе времени).