В отличие от классического новоевропейского определения субстанции как абсолютно независимого сущего Л.М. Лопатин предполагал, что субстанции, составляющие мир, взаимодействуют друг с другом и образуют сложную динамическую, развивающуюся структуру. Существует также особая субстанция, возвышающаяся над системой взаимодействующих субстанций и являющаяся их причиной и источником, – Бог в философском понимании. Одновременно с этим Л.М. Лопатин признавал, что в силу особого характера бытия Бога по отношению к бытию субстанций Его более естественно было бы называть «бытием сверхсубстанциальным». Своеобразно воспроизводя логику известного онтологического доказательства бытия Божия Л.М. Лопатин утверждал, что, когда мы мыслим духовное первоначало бытия в отвлечённых понятиях нашего ума, мы не доходим до его адекватного понимания; «весь смысл понятия о нём лишь в том и заключается, что это первоначало есть реальный и действительный источник всего реального и поэтому реальнее всего, что существует. И его реальность не есть реальность нераскрытого зародыша или тёмной потенции, ещё не пришедшей в актуальное состояние, – напротив, в своём довременном вечном единстве, не встречая себе ни в чём препятствий и затяжек, оно раз и навсегда открывается себе как неисчерпаемая полнота творческих сил, в бесконечной картине возможных образов их действия, в завершённом плане их творческой объективации и в свободном стремлении осуществить этот план». Согласно Л.М. Лопатину, лишь такое понимание первоначала, т.е. Бога, позволяет увидеть в Нём свободного Творца мира. Л.М. Лопатин отвергал понимание Бога как отрицательного и безразличного единства, «в котором тонет и исчезает всякое многообразие свойств, отношений, проявлений и актов», т.е. отвергал пантеизм. Правильное философское понимание, согласно Л.М. Лопатину, предполагает, что Бог есть конкретное и реальное единство реального множества. «Только тогда Бог действительно понят как дух, а если реальное единство разума и воли в едином бесконечном субъекте может быть названо личностью, то Он понят как личный дух». Исследователи отмечают, что в решении богословских вопросов Л.М. Лопатина сказывается его приверженность к традиции философского рационализма. Хотя он утверждает, что религия обладает несомненной самостоятельностью по отношению к философии, все традиционные религиозные понятия приобретают в его изложении рационально-философский характер. Этот неявный приоритет философского подхода над собственно религиозным становится очевидным в тех случаях, когда логика философских рассуждений выводит Л.М. Лопатина за рамки догматического учения церкви, например, в объяснении существования зла.