После упразднения Кандалакшского монастыря в 1764 г. Богородице-Рождественская церквь стала приходской. В 1818 г. по благословению Архангельского епископа Парфения (Петрова) на средства местных крестьян были отремонтированы крыша и потолки, но разобрана на «церковные дрова» монастырская келарная. В 1848 г. на средства кандалакшанина А. Жидких в храме были проведены ремонтные работы. Во время Крымской войны, 6 июля 1855 г., 70 англичан на двух баркасах высадились на левом берегу реки Нивы. Под защитой артиллерийского огня с корабля захватчики ворвались в церковь Рождества Пресвятой Богородицы, разграбили её и сожгли. В 1865 г. на Высочайше пожалованную сумму была построена новая одноимённая церковь с колокольней. В Предтеченском храме совершались богослужения вплоть до ареста 4 июня 1940 г. последнего священника в Кандалакше протоиерея Фёдора Михайловича Миролюбова. 5 сентября 1940 г. по постановлению Мурманского облисполкома и по ходатайству «большинства населения села» Предтеченская и Богородице-Рождественская церкви были закрыты «с использованием церквей... под стационарный кинотеатр и... под районный клуб» (Государственный архив Мурманской области). В 1942 г. здание монастырской церкви («как служившее ориентиром для фашистской авиации») разобрали. В приходской церкви размещался кинотеатр «Маяк». По воспоминанию очевидца Г.Ф. Жидких, в сентябре 1948 г. из колокольни вынесли книги и иконы, сложили на площади перед кинотеатром «Маяк» и подожгли. Однако часть святынь, вероятно, спрятали местные жители. В конце 1970 гг. помещение кинотеатра было передано Кандалакшскому заповеднику. К стенам алтаря была пристроена клетка, в которой содержались два медведя. В 1984 г. по вине работников заповедника возник пожар, уничтоживший здание Предтеченской церкви. В 2006 г. на месте монастырской Богородице-Рождественской церкви установлен памятный крест. К 2012 г. церковь в честь Рождества Иоанна Предтечи возрождена на небольшом расстоянии от первоначального её местонахождения, где стоят памятный крест и часовня.