К 1575 г. в Кандалакшском монастыре была церковь во имя Николая Чудотворца с приделами апостолов Петра и Павла и преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, а также тёплый храм Рождества Пресвятой Богородицы, в котором «образы и книги да колокол один строение царя и великого князя (Ивана IV Грозного), а три колокола поставил строитель того же монастыря». После разорения 1589 г. была восстановлена лишь тёплая шатровая Богородице-Рождественская церковь с трапезной и келарской, и с тех пор монастырь стал именоваться Кокуевым Пречистенским. «В церкве образы и книги и ризы, да три колокола строение монастырское, а четвертый колокол государев». После «прихода войною литовских людей и черкасов» в 1615 г. была построена одноимённая деревянная пятиглавая церковь, «высота ее была 8 саж., а длина – 14 саж.». Тогда же отстроили и волостную Предтеченскую церковь. Отдельное здание колокольни («на рубленном анбаре») возвели в 1711 г., при игумене Павле (Колянине – Государственный архив Архангельской области). После пожара 1693 г., согласно описи, в 1705 г. на территории обители стояла деревянная Богородице-Рождественская церковь, «о пяти верхах, с трапезою и келарскою теплыми, главы обиты чешуею», с 18 окнами, папертью. В храме устроен трёхъярусный иконостас, «царские двери и сени и столбцы резные, золоченые... образа в серебряных окладах... привесы жемчужные». В 1751 г. была получена грамота-разрешение на ремонт обветшавшей приходской Предтеченской церкви. В 1786 г., убедившись в нецелесообразности ремонта старого здания, прихожане «своим иждивением» начали строительство нового храма, который был освящён в 1801 г. Храм отличался необычной для Поморья конструкцией. В начале XX в. искусствовед Иван Васильевич Евдокимов писал, что «он четырёхъярусный, с чередующимися двумя восьмигранниками и четвериками, увенчанный огромной чешуйчатой луковицей… Чередование его ярусов… оставляет впечатления шатра... При церкви находится деревянная, одноярусная колокольня, высота её 10 саженей, устроена осьмериком». Высота церкви была 7 саженей, а длина – 10 саженей.