В 1693 г. Кандалакшский монастырь  сгорел «без остатка» по вине монаха Иринарха Чистых. По переписи 1710 г., в двух бобыльских дворах насчитывалось десять человек мужского и семь человек женского пола. «Деловых людей 5 человек: двое на поварне, которые на братью пищу варят, и трое на скотном дворе». Сверх того, «живет для зимних государевых подвод наемный лопин». Согласно отчёту 17 ноября 1724 г., хозяйство Кандалакшского монастыря пребывало в упадке: единственная соляная варница, в которой «пред сего варили соль, ныне за хлебною скудостью стоит впусте. А вотчин и пахотных земель и крестьян за Кандалакшским монастырем нет». По ревизии 1722 г., у монастыря числились «одна душа» и семь человек наёмных работников. Имелась «ветхая» мореходная сойма со всей снастью. На мурманские промыслы посылался лишь один карбас, выловленную рыбу продавали в Архангельске, а на вырученные деньги покупали «хлебные запасы на монастырской обиход четвертей [кулей] по 35 и по 40». В год вылавливалось сёмги на 45 руб. На речке Лупце работала мельница «на одном поставе», которая давала доход 2 руб. 25 коп. в год, «а иных доходов никаких, сверх объявленных, в Кандалакшском монастыре не бывает, понеже других торгов и промыслов нет». Для собственного потребления монахи ловили озёрную рыбу; сена снималось в год до 100 возов, имелись 5 коров и бык, 6 лошадей, 15 оленей. Монастырь не был избавлен от мирских повинностей: «...С помольных денег платит в Кольскую канцелярию четвертую долю... подводы ямские ставит с кандалакшскими крестьянами вряд». К 1722 г. на территории Кандалакшского монастыря помимо храмов располагались пять ветхих келий, два хлебных амбара, конюшенный и «коровий» дворы. Обитель постоянно находилась в долгах. В сентябре 1730 г. иеромонах Пахомий занял для покупки хлеба 42 руб. у холмогорца Я. Жеребцова, обязавшись в счёт этих денег отдать ему в аренду реку Колвицу с монастырской избой, семужьей тоней и лесом на шесть лет. В 1738 г. в суде рассматривалось дело о взыскании с монахов 28 руб. заимодавцу А. Яковлеву. Однако оказалось, что «за крайнею их нищетою ни по которой мере взыскать тот долг неможно, понеже... они претерпевают глад и нужду». 14 апреля 1742 г. указом архиепископа Архангелогородского и Холмогорского Варсонофия (Васина) Кандалакшский монастырь  был приписан к Соловецкому в честь Преображения Господня монастырю «за необходимыми нуждами и скудостью и за неумением братии и служителей» вести дела. В 1764 г. угодья Кандалакшского монастыря отошли местным крестьянам.