При этом исследователи отмечают не только смысловую, но и стилистическую связь между лекциями Эрнста Кассирера и его сочинениями: многие главы его работ похожи на проговариваемые устно лекции, в которых эпическая полнота и риторическая властность рассказчика нередко занимают доминирующее положение по отношению к точности аргументов. Всегда опираясь в своём анализе на первоисточники и нередко приводя довольно обширные цитаты из сочинений авторов, взгляды которых он рассматривал, Эрнст Кассирер в процессе комментирования так встраивал их в ткань собственной мысли, что они начинали говорить его голосом и служить поставленной им интеллектуальной цели. Ещё во время занятий трудами Г.В. Лейбница у Эрнста Кассирера, недовольного тем, что его анализ как бы «повисает в воздухе» из-за недостаточной исследованности предшествующей философской традиции, возник замысел масштабного проекта: проследить развитие основных концепций философской эпистемологии с начала эпохи Ренессанса до критических сочинений И. Канта. Итогом работы стали два тома сочинения «Проблема познания в философии и науке Нового времени» («Das Erkenntnisproblem in der Philosophie und Wissenschaft der neueren Zeit»), опубликованные поочерёдно в 1906 и 1907 гг. В масштабном и по объёму, и по количеству обработанных источников произведении Эрнст Кассирер интерпретировал всю историю новоевропейской философии как процесс смены парадигм понимания природы научного познания, кульминацией которого стало освобождение эпистемологии от оков метафизики, осуществлённое в кантовской философии. Рассматривая в первом томе философские учения от Николая Кузанского (1401–1464 гг.) до Рене Декарта, Эрнст Кассирер прослеживал влияние формировавшегося в это время научного мировоззрения на интерпретацию познания философами. Хотя Николай Кузанский и другие философы Ренессанса ещё были целиком погружены в метафизическую философию, они, по убеждению Эрнста Кассирера, поставили под сомнение устаревшие догматические философские концепции и подготовили те мыслительные инструменты, с помощью которых разуму впоследствии удалось освободиться от метафизики. Так, Николай Кузанский впервые продемонстрировал связь ряда философских проблем с математикой; Марсилио Фичино (1433–1499 гг.) и Пьетро Помпонацци (1462–1525 гг.) отвергли традиционное схоластическое учение о человеке и создали предпосылки для появления новой психологии; Лоренцо Валла (1407–1457 гг.), Пьер де ла Раме (1515–1572 гг.) и другие логики выявили слабости общепринятой силлогистики; Николай Коперник (1473–1543 гг.), Джордано Филиппе Бруно (1548–1600 гг.), Томмазо Кампанелла (1568–1639 гг.) доказали несостоятельность аристотелевской физики, и т.п. Таким образом, в процессе философских попыток осмысления новых научных фактов была разрушена старая аристотелевская философия и одновременно подготовлена почва для философского осмысления новой науки. Зарождение этой науки Эрнст Кассирер связывал с именами Леонардо да Винчи (1452–1519 гг.), Иоганна Кеплера (1571–1630 гг.) и Галилео Галилея (1564–1642 гг.), в научных трактатах которых математика впервые заняла место метафизики в качестве основы и метода научного исследования.