Впоследствии Эрнст Кассирер вспоминал, как Георг Зиммель предупреждал его, что сочинения Германа Когена перегружены абстрактной терминологией и тонкими дистинкциями, вследствие чего крайне сложные для понимания. Это не остановило Эрнста Кассирера, немедленно купившего книги Германа Когена и жадно принявшегося за их изучение. Строгий научный стиль философствования Германа Когена произвёл благоприятное впечатление на Эрнста Кассирера, по словам которого, уже с первых страниц он «почувствовал себя находящимся на твёрдой и надёжной почве». После знакомства с идеями Германа Когена Эрнст Кассирер принял окончательное решение изучать философию под его руководством; готовясь к личной встрече с Германом Когеном, он прочёл все его сочинения, а также ряд научных книг по математике, физике и биологии, полагая, что знание этих наук необходимо для работы над философской интерпретацией научных достижений, на которую был ориентирован Герман Коген с его школой. Одновременно Эрнст Кассирер продолжал слушать общие лекции по философии, на этот раз в Мюнхенском университете; здесь его преподавателем был известный философ и психолог Теодор Липпс (1851–1914 гг.). В Мюнхене Эрнст Кассирер проучился три семестра – с весны 1895 г. по осень 1896 г. В конце 1896 г. Эрнст Кассирер начал обучение в Марбургском университете, где Герман Коген занимал кафедру профессора философии. Ко времени приезда Эрнста Кассирера в Марбург вокруг Германа Когена и его ближайшего ученика Пауля Герхарда Наторпа (1854–1924 гг.) сложилась устойчивая группа единомышленников-неокантианцев. Центром их научных интересов была философия И. Канта, основоположения которой марбургские исследователи рассматривали как в связи с теми философскими предпосылками в трудах более ранних мыслителей, благодаря которым сформировалась критическая философия И. Канта, так и в связи с различными научными концепциями, для философской интерпретации которых мог быть использован кантовский понятийный аппарат. Излагая и комментируя философское учение И. Канта, Герман Коген стремился сделать его более логичным и строгим, освободив от того, что он считал остатками докантовской метафизики, и приведя в соответствие с современным состоянием наук. Герман Коген возражал против распространённых в немецкой философии этого времени попыток психологической, эмпирической или субъективистской интерпретации И. Канта и считал важнейшей частью кантовской философии учение об объективных структурах чистого разума, определяющих и конституирующих всякий субъективный опыт, т.е. кантовскую трансцендентальную логику. Он подвергал критике метафизическое понимание кантовской вещи в себе (Ding an sich), считая её не некой непознаваемой субстанцией, лежащей в основе ощущений и восприятий, но исключительно трансцендентным объективным идеалом познания, границей конституирующей деятельности чистого мышления. Объявляя единственным истинным методом философского исследования кантовский «трансцендентальный метод», Герман Коген понимал под ним проделываемый И. Кантом в «Критике чистого разума» путь от факта существования математики и математического естествознания с их априорными синтетическими суждениями к объяснению и обоснованию возможности существования этих наук.