Метафизические понятия, например, понятие «сила», по мнению Эрнста Кассирера, Г.В. Лейбниц переосмысляет таким образом, что из понятий с заранее данным значением они превращаются в функциональные понятия, значение которых постоянно переопределяется по мере научного исследования природы и математического осмысления данных этого исследования. Интерпретируя наиболее метафизические части философской системы Г.В. Лейбница (монадологию и теодицею), Эрнст Кассирер стремился выделить в них те элементы, которые логически вытекали из научно построенной теории познания. Центральным для метафизики Г.В. Лейбница Эрнст Кассирер считал понятие индивида, который может быть определён как метафизически, т.е. в качестве эмпирической субстанции-монады, так и эпистемологически, как феноменально данный субъект сознания и объект познания. В нежелании отказаться от метафизической трактовки индивида в смысле субстанции Эрнст Кассирер видел слабость философии Г.В. Лейбница и источник его теологических представлений о Боге (высшей Монаде), о предустановленной гармонии между «природой» и «благодатью», «механикой» и «свободой». Критикой первое сочинение Эрнста Кассирера было принято настороженно: многие рецензенты отмечали, что он свёл всё философское учение Г.В. Лейбница к его теории познания, к тому же интерпретировал её в неокантианских категориях. Так, известный протестантский теолог либерального направления Эрнст Трёльч (1865–1923 гг.) писал о «насильственной кантизации (Kantisierung) Г.В. Лейбница» у Эрнста Кассирера и отмечал, что Эрнст Кассирер почти полностью проигнорировал религиозно-метафизическое измерение философской системы Г.В. Лейбница, не приняв во внимание его учения о том, что в теологии и в этике невозможно обойтись без понятия субстанции, поскольку религиозно-этические отношения возможны лишь как отношения между реальными и свободными субстанциями. После окончания унверситета Эрнст Кассирер переехал из Марбурга в Берлин, где жил в кругу семьи, занимаясь научной работой, в частности, подготовкой немецкого научного издания сочинений Г.В. Лейбница. В 1901 г. на одном из семейных торжеств Эрнст Кассирер познакомился со своей двоюродной сестрой Тони Бонди (1883–1961 гг.), которая жила в Вене; вскоре между ними завязались романтические отношения, и 16 сентября 1902 г. Тони и Эрнст Кассирер официально заключили брак в венской синагоге. Супруги первоначально поселились в Мюнхене, однако в октябре 1903 г. вернулись в Берлин, где жили до 1919 г. Семейная жизнь Эрнста Кассирера сложилась удачно: Тони была его верной помощницей и единомышленницей, сопровождала его до последних дней, неизменно поддерживая в научной работе и в борьбе со сложными жизненными обстоятельствами. У них родились двое сыновей и дочь. После смерти Эрнста Кассирера его супруга написала подробные воспоминания об их совместной жизни, целиком опубликованные лишь в 2003 г. Несколько попыток Эрнста Кассирера организовать в 1901–1902 гг. защиту сочинения о Г.В. Лейбнице в качестве габилитационной работы в университетах Германии (в том числе в Берлине, Страсбурге и Гёттингене) были неудачными.