Отождествляя априорные синтетические суждения с законами математического естествознания, Герман Коген отмечал, что они объективно присутствуют в науке, однако не познаются изнутри нее; таким образом, задача философии состоит в том, чтобы объяснить, как объективные принципы делают возможным объективное познание, определяя и конституируя его (подробнее см. в ст. Неокантианство). Ориентация на логико-идеалистическое прочтение И. Канта определяла преимущественный интерес марбургских неокантианцев к тем философам прошлого, которые анализировали до И. Канта природу и свойства чистого разума (интеллекта) и его идей: Платону, Рене Декарту и Готфриду Вильгельму Лейбницу. Знакомство с идеями Германа Когена и марбургских неокантианцев оказало определяющее воздействие на формирование философского мировоззрения Эрнста Кассирера. Впоследствии он отмечал, что наиболее важным для него элементом в философских взглядах Германа Когена была убеждённость в несуществовании бытия вне мышления и учение о том, что всякая реальность конституируется мышлением и существует по законам мышления, которые могут быть выделены разумом и представлены философом как единая система и единый метод бесконечного приближения к объективной истине. В начале 1897 г. Эрнст Кассирер лично познакомился с Германом Когеном и стал постоянным участником его семинаров. С удовлетворением сообщал в письмах родным о том, что между ними сложились доверительные и дружеские отношения. Наряду с общностью философских интересов Германа Когена и Эрнста Кассирера сближало их еврейское происхождение. Как и Эрнст Кассирер, Герман Коген болезненно переживал нападки на него как на еврейского профессора, занимавшего престижную кафедру в немецком университете; он активно участвовал в дискуссиях по еврейскому вопросу, защищая либеральную концепцию творческого сотрудничества еврейской и немецкой интеллигенции и одновременно настаивая на необходимости для евреев сохранения культурного и религиозного своеобразия. По свидетельству Эрнста Кассирера, серьёзное влияние на формирование его восприятия религии оказали взгляды Германа Когена на взаимоотношения между философией и религией: будучи верующим человеком и интересуясь теологией иудаизма, Герман Коген вместе с тем был убеждён, что в области философии допустимо существование лишь этикотеологии, в которой идея Бога тождественна идее высшего блага; что религия должна пониматься философом исключительно как элемент человеческого морального сознания, а не как нечто, даваемое человеку извне. В Марбургском университете Эрнст Кассирер был известен как блестящий студент и непревзойдённый эрудит; в значительной мере этому способствовала его уникальная память. По свидетельству Дмитрия Осиповича Гавронского (1883–1949 гг.), выходца из России, также учившегося в Марбурге у Германа Когена (защита диссертации – 1910 г.), поддерживавшего дружеские отношения и переписку с Эрнстом Кассирером до конца его жизни и составившего его первую биографию, Эрнст Кассирер мог наизусть приводить целые страницы философских трактатов и «часами» читать по памяти стихи классических и современных поэтов.