Сохранявший дружеские отношения с Эрнстом Кассирером Генрих Коген предлагал ему провести защиту в Марбурге, однако Эрнст Кассирер не хотел связывать себя с университетом провинциального города, надеясь, что ему всё же удастся осуществить защиту и получить постоянное место в Берлинском университете. Лишь в 1906 г., когда Эрнст Кассирер представил для защиты первый том своего нового сочинения «Проблема познания в философии и науке Нового времени», учёный совет философского факультета согласился начать процедуру защиты и запросил отзывы на текст Эрнста Кассирера у Вильгельма Дильтея, к этому времени уже оставившего преподавание, однако сохранившего статус заслуженного профессора Берлинского университета, а также у берлинского философа-неокантианца Алоиза Риля (1844–1924 гг.). В. Дильтей в своём кратком отзыве критически оценивал раннюю работу Эрнста Кассирера о Г.В. Лейбнице, однако подчёркивал, что новое сочинение является более удачным и объективным с научной точки зрения, вследствие чего может быть принято как габилитационная работа. Развёрнутый отзыв А. Риля, будучи формально также положительным, вместе с тем содержал серьёзную критику: А. Риль обращал внимание на то, что Эрнст Кассирер искусственно навязывает мыслителям прошлого «воззрения, которые кажутся ему кантовскими», тем самым искажая их подлинные идеи. Супруга Эрнста Кассирера в воспоминаниях рассказывает, что его защита до последнего момента была под угрозой срыва из-за антисемитских настроений среди профессуры, так что лишь вмешательство пользовавшегося всеобщим уважением В. Дильтея, который явился на защиту и поддержал Эрнста Кассирера, изменило ситуацию в его пользу. Поскольку подтверждения этого рассказа из независимых источников нет, некоторые исследователи высказывали сомнения в его достоверности. Процесс габилитации успешно завершился 11 августа 1906 г., когда Эрнст Кассирер прочёл публичную «вступительную лекцию» в качестве приват-доцента на тему «Критика познания по отношению к науке XVIII века» (с осени того же года он начал преподавать в Берлинском университете). Лекции Эрнста Кассирера в Берлинском университете пользовались значительной популярностью у студентов. По воспоминаниям слушателей, хотя они ни для кого не были обязательными, на них нередко собиралось больше сотни человек. Успех Эрнста Кассирера объяснялся как актуальностью для интересовавшихся философией студентов затрагиваемых им тем, так и его личным талантом лектора, способного удерживать внимание аудитории благодаря совмещению при изложении материала строгой логической структуры рассуждения с риторической элегантностью и естественностью речи. Тематика лекционных курсов Эрнста Кассирера обычно соотносилась с теми философскими сочинениями, над которыми он работал раньше или намеревался работать в ближайшее время. Так, наиболее часто он читал курсы по теоретической философии И. Канта (летний семестр 1907 г., зимние семестры 1909/1910 и 1911/1912 гг.), по философским системам Г.В. Лейбница и Р. Декарта (зимние семестры 1907/1908, 1910/1911, 1912/1913 гг.), по истории теории познания.