В апреле в Карфагене под председательством Киприана был созван Собор африканских епископов. На нём были зачитаны трактаты Киприана «De lapsis» («О падших») и «De unitate Ecclesiae» («О единстве Церкви»), в которых затрагивались вопросы церковной дисциплины. Прежде всего, Собор отлучил от церкви Фелициссима и его сторонников. Вместе с тем Собор решил, что падшие не должны быть лишены возможности покаяния и примирения с церковью. Для этого устанавливались правила приёма падших, которые были разделены на две категории: тех, кто действительно принесли жертву – sacrificati, и тех, кто получили ложное письменное свидетельство (libellus) о жертвоприношении – libellatici. Последние были прощены. Что касается первых, то Собор постановил, что они должны находиться в разряде кающихся и продолжительность периода отлучения каждого из них должна зависеть от тяжести его вины. Однако в случае смертельной угрозы пресвитерам разрешалось присоединять их к церкви и причащать. В это время в Римской церкви произошли нестроения, связанные с попыткой незаконного занятия Римской кафедры пресвитером Новацианом. Проявляя заботу о единстве церкви, Киприан Карфагенский стремился с помощью посланий уврачевать раскол. Летом 251 г. император Деций погиб на войне. Его преемником стал Требониан Галл. Христиане ожидали новых гонений, и в мае 252 г. очередной Карфагенский собор под председательством Киприана постановил принять всех покаявшихся падших в лоно церкви. Вскоре в Карфагене разразилась эпидемия чумы, послужившая язычникам поводом для новых гонений на христиан, которых они считали виновными в этом «гневе богов». Спасаясь от эпидемии, множество людей бежало из города, оставляя больных без помощи, а мёртвых – без погребения, так что трупы заполнили улицы Карфагена. В это время Киприан, показывая пример стойкости и мужества, оставался в городе, увещевая верующих не бояться смерти и побуждая всех помогать больным и семьям умерших независимо от их вероисповедания, что значительно смягчило отношение языческого населения к христианам. Последующие несколько лет были относительно спокойными. Киприан продолжал пастырскую деятельность, наставлял верующих в христианской нравственности и вероучении, заботился о церковной дисциплине. В 255–256 гг. в Карфагене под председательством Киприан прошли церковные Соборы по вопросу о том, следует ли перекрещивать еретиков, возвращающихся в лоно кафолической церкви (подробнее см. в ст. Карфагенский соборы). Ими была подтверждена прежняя африканская практика повторно совершать таинства крещения и миропомазания над всеми еретиками и раскольниками, а тех клириков кафолической церкви, которые вступали в церковное общение с ними, принимать обратно лишь после продолжительного покаяния и в чине мирян (решения Соборов были отправлены Римскому епископу Стефану I). Однако священномученик Стефан придерживался римской традиции принимать еретиков через возложение рук, при котором им сообщался Святой Дух. По этому поводу он раньше уже вступил в острую полемику с предстоятелями некоторых малоазийских церквей, где была распространена практика перекрещивания еретиков. На послание Киприана Карфагенского и Карфагенского собора он ответил в резком тоне, усмотрев в действиях африканских епископов новшество, противоречащее церковному преданию; назвал Киприана Карфагенского «лжехристом и лжеапостолом» и пригрозил ему отлучением. Однако Киприан Карфагенский твёрдо стоял на своих позициях и 1 сентября 256 г. созвал в Карфагене новый Собор.