Н. Йорга предполагал, что в Молдавии Ксиропотаму была подарена обитель Секу и датировал это событие 1599 г., однако в настоящее время считается, что для этого утверждения недостаточно доказательств. С 1604 г. Ксиропотам владел в Молдавии деревней Колибани, а с 1641 г. вместе с другими афонскими монастырями получил от молдавского господаря Василе Лупу в качестве подворья монастырь Трёх святителей в Яссах. По разным источникам (преимущественно по рассказам афонских монастырских посольств в Москву), число братии в Ксиропотаме составляло в конце XV – начале XVI вв. 90 человек, в 1530–1531 гг. – 27, в 1561 г. – 50, в 1569 г. – 20, в 1582–1583 гг. – 70, в 1634–1635 гг. – 129, в 1677 г. – 300 человек. Сведения об уплате податей османским властям за XVII в. отрывочны: в 1678 г. она составляла 56 грошей, в 1684 г. – 60. С середины XVI в. Ксиропотам стал испытывать экономические трудности, в связи с чем в 1574 г. уступил пятое место в иерархии афонских обителей Дионисиату и занял восьмое место. Пожар в результате пиратского набега 1609 г. почти полностью уничтожил Ксиропотам, который нередко подвергался нападениям и сухопутных разбойников. Монахи принялись за его восстановление, получив помощь от господарей Валахии и Молдавии. В 1612 г. Константинопольский патриарх Тимофей II попытался восстановить в Ксиропотаме общежительный устав и предоставил ксиропотамскому игумену почётное право носить за богослужением пурпурную мантию, подаренную, по преданию, этой обители Константином VII Багрянородным (исследователи считают этот документ поддельным). В 1613 г. Вардолахос Политис и его жена Мария подарили Ксиропотаму церковь Всех святых на острове Тира, в 1648 г. богатый житель Наксоса Михаил Феофилос – недвижимость на этом острове, где впоследствии было устроено подворье. В 1671 г. Ксиропотам получил статус ставропигиального монастыря. Приезды иноков Ксиропотама в Москву за милостыней носили случайный характер, хотя первый визит инока Исаии датируется достаточно рано – не позднее 1540 гг.; в XVII в. ситуация не изменилась. Около 1670 г. Пэун Вамешул из Янины передал Ксиропотаму новопостроенную обитель Святого Духа близ Ясс (впоследствии перепосвящена Святой Троице), которая стала известна как Клатия. Константинопольский патриарх Мефодий III 9 февраля 1671 г. подтвердил своей грамотой её ставропигиальный статус и зависимость от Ксиропотама. Тот же Пэун Вамешул в 1672 г. вложил в монастырь сохранившуюся до сих пор плащаницу. Господарь Константин Дука, шурин Пэуна Вамешула, подарил Ксиропотаму монастырь Данку в Яссах (15 декабря 1702 г.), постепенно объединившийся с монастырём Клатия. Одно это подворье принесло Ксиропотаму в 1870 г. доход около 39 тыс. лей. В архиве Ксиропотама сохранилось большое количество документов, относящихся к спорам между братией Ксиропотама и игуменом Данку, к правам на распоряжение доходами и к предпринимавшемуся на землях этой обители строительству. Конфликты по поводу разграничения прав игуменов подворья Данку и властей Ксиропотама продолжались вплоть до 1863 г., когда в объединённой Румынии была проведена секуляризация монастырских земель.