Среди покровителей Ксиропотама были члены императорской семьи: например, около 1140 г. сестра императора Мануила I Комнина Мария предоставила монастырю владения в Девеликии близ Иерисса и в Озолимне. Права на них были подтверждены около 1200 г. внуком Марии Комнины севастократором Никифором Петралифой. В Житиях Саввы Сербского повествуется о том, как в начале XIII в. этот святой помог восстановить Ксиропотам, пришедший в запустение из-за нападения морских разбойников. В этом источнике впервые говорится о посвящении монастыря сорока Севастийским мученикам. В том числе святитель Савва отремонтировал и велел украсить фресками монастырский собор, за что получил почётное звание ктитора. Согласно сборнику афонских преданий XV в., ежегодно на престольный праздник в обители происходило чудо: под св. престолом вырастал сорокаглавый гриб (вкушавшие его исцелялись от различных недугов). В первой половине 1270 гг. Ксиропотам совместно с Великой Лаврой вёл земельные споры с Хиландаром (в случае с Ксиропотамом речь шла о владениях на Превлаке), разрешённые в пользу сербского монастыря простагмой императора Михаила VIII Палеолога. В завещании монаха Феодула Скарана (1270–1274 гг.) говорится о передаче Ксиропотаму богатого подворья в Эрмилии на полуострове Ситония. «Повесть о Ксиропотамском монастыре» сообщает о полном разрушении Ксиропотама во второй половине 1270 гг. Михаил VIII Палеолог после заключения в 1274 г. Лионской унии с Западной церковью прибыл на Афон со своими «латиномудрствующими» сторонниками и расправился с приверженцами православия в Карее, Ватопеде, Зографе и Иверском монастыре. Насельники Ксиропотама испугались, что их постигнет та же участь, и встретили униатов с масличными ветвями в руках. Однако когда они начали служить совместную литургию, произошло мощное землетрясение, и стены монастыря обрушились. С тех пор чудесный сорокаглавый гриб больше не вырастал в алтаре под св. престолом. Ксиропотамом был отстроен сыном Михаила Андроником II, молитва о спасении которого вместе с «сынами от сынов его» содержится в заключительной части «Повести...»; последнее обстоятельство позволяет исследователям датировать памятник не позднее 1328 г. и, вероятно, после смерти Михаила IX (1320 г.), сына и соправителя Андроника. Однако другие источники свидетельствуют, что восстановителем монастыря был не Андроник II, а брат Михаила VIII Иоанн Палеолог. В хрисовуле 1275 г. говорится, что Иоанн укрепил Ксиропотам и вернул ему прежнее великолепие, в акте Константина Спартина 1295 г. – что Ксиропотам «был восстановлен под именем сорока мучеников после пожара деспотом Иоанном Палеологом». В письме Константинопольского патриарха Афанасия I (около 1303 – 1309 гг.), и в акте прота Исаака (1331 г.) иноки Ксиропотама восхваляются за благочестие и монашеские добродетели. К 1330 г. площадь принадлежавших Ксиропотаму земельных участков составила 3 тыс. модиев. В 1346 г. сербский царь Стефан IV Душан выдал Ксиропотаму подтвердительную грамоту на его владения в Иериссе, на полуострове Ситония, в катепаникии Стримон и др. (на греческим языке, есть значительные утраты текста).