Как признавала комиссия в докладе в Политбюро в сентябре 1923 г., её внимание «сосредоточено, главным образом, на процессах, происходящих в наиболее крупной организации, православной». Однако Комиссия по проведению отделения церкви от государства занималась и другими религиозными конфессиями, из которых основное внимание уделялось сектантским (евангелическим) организациям. В начале 1920 гг. Советское государство проводило по отношению к сектантству двойственную политику. С одной стороны, в сектантах видели преследуемое в дореволюционный период религиозное меньшинство, сочувствующее многим идеям коммунизма. Благодаря такому отношению сектанты получили от советских властей определённые привилегии, в частности, освобождение от военной службы (согласно декрету ВЦИК от 9 января 1919 г.), сектантским группам выделялись земли для устройства трудовых общин. С другой стороны, при общей враждебности большевиков к любой религии сектантство, сравнительно преуспевавшее на фоне разгрома традиционного православия, стало всё больше восприниматься как «опасность нового духовного закабаления масс». Впервые Комиссия по проведению отделения церкви от государства рассмотрела вопрос «борьбы с сектантством» в ноябре 1922 г. Среди сект было предложено выделить две категории: лояльные к советской власти и не представляющие угрозы для неё (молокане, духоборы, штундисты) и враждебные ей (толстовцы, баптисты, евангельские христиане и др.). Комиссию интересовали, прежде всего, баптисты и евангельские христиане, как наиболее успешные, многочисленные и организованные среди сектантов, имевшие связи с зарубежными организациями единоверцев и получавшие из-за границы религиозную литературу и материальную помощь. Степень враждебности к советской власти определялась отношением членов организации к службе в Красной Армии. В целях «борьбы с контрреволюцией, прикрывающейся флагом сектантства», комиссия приняла постановление, согласно которому от военной службы освобождались лишь члены религиозных объединений, пользовавшихся таким правом до революции 1917 г. Против враждебных сектантских групп предполагалось вести пропагандистские кампании, их активных руководителей следовало арестовывать или высылать за границу. В конце 1922 г. – начале 1923 г. органы ГПУ и НКВД самостоятельно провели кампанию по ликвидации сектантских общин, не получивших официальную регистрацию (которая была фактически прекращена). В ответ комиссия в феврале 1923 г. указала этим ведомствам на недопустимость самовольных силовых акций против сектантов и потребовала впредь согласовывать с ней подобные действия. Были даны указания не производить, «иначе как в случае крайней необходимости», вторжения в молитвенные дома во время религиозных собраний и не разгонять их. Обращалось особое внимание, что сектанты не должны ущемляться в своих правах относительно других верующих (в 1920 гг. сектантские организации продолжали пользоваться сравнительно большими возможностями, чем другие конфессии). В марте того же года Комиссия по проведению отделения церкви от государства охарактеризовала как «явно враждебный соввласти» курс сектантской верхушки.