В вину руководителям евангельских христиан и баптистов были поставлены антимилитаристская пропаганда, тайное обучение детей основам веры, антисоветские выступления проповедников. Комиссия поручила ГПУ «добыть максимальное количество материала, изобличающего баптистов в контрреволюционной деятельности», дала санкцию на арест председателя Всероссийского совета евангельских христиан (ВСЕХ) Ивана Степановича Проханова. Также был предложен метод «взрыва изнутри» сектантского движения: «Одновременно решено начать планомерное воздействие на баптистские низы с целью возбуждения их против центра, вовлекающего секту в контрреволюционную политику». В условиях «религиозного нэпа» в работе с сектантством Комиссия по проведению отделения церкви от государства делала ставку не столько на репрессивное подавление религиозных организаций, сколько на манипулирование их руководством с целью подчинения диктату властей. При этом по-прежнему признание сектантами военной службы в РККА считалось определяющим моментом во взаимоотношениях с государственной властью. В июне 1923 г. комиссия приняла решение провести в газетах пропагандистскую кампанию, используя «все материалы, компрометирующие сектантов с точки зрения их милитаризма». Также было решено провести через ВЦИК изменение декрета об освобождении сектантов от военной службы «на тот предмет, чтобы сектанты не могли злоупотреблять этим декретом, как это было до сих пор». ГПУ поручалось усилить деятельность по разложению сектантства. Как своё большое достижение Комиссия по проведению отделения церкви от государства представила в отчёте Политбюро издание Высшим Советом ВСЕХ воззвания с призывом к солидарности с советским правительством и к несению службы в Красной Армии. Текст воззвания был утверждён комиссией как обязательное условие освобождения лидера евангельских христиан И.С. Проханова. Также в качестве поощрения ВСЕХ получил разрешение на ввоз из-за границы религиозной литературы. В сентябре 1923 г. состоялся девятый Всесоюзный съезд евангельских христиан, принявший под давлением ГПУ резолюцию о необходимости нести военную службу. Комиссия по проведению отделения церкви от государства надеялась, что несение службы в Красной Армии одобрит и руководство баптистов, однако их двадцать пятый всесоюзный съезд в декабре того же года не поддержал резолюцию о военной службе несмотря на сильное давление со стороны ОГПУ. Многих из делегатов съезда вызывали для бесед с Е.А. Тучковым, а шестеро из них были заключены в тюрьму. Потерпев неудачу, комиссия дала поручение ОГПУ проводить деятельность по расколу баптистов, используя предстоящие съезды региональных общин для создания организационного комитета по подготовке нового Всероссийского съезда, лояльного к требованиям властей. На проведение местных баптистских съездов комиссия предполагала выделить 10 тыс. червонцев. Подобная работа проводилась и в отношении других религиозных течений. В результате резолюции об обязательности военной службы для своих последователей приняли пятая Всесоюзная конференция адвентистов седьмого дня (август 1924 г.) и третий Всесоюзный съезд молокан (февраль 1926 г.). Их организация и проведение проходили под контролем ОГПУ.