В декабре 1926 г. признать военную службу согласился и двадцать шестой Всесоюзный съезд баптистов. Комиссия по проведению отделения церкви от государства отказывала в регистрации сектантским организациям, в уставе которых не содержалось положения о признании всех государственных повинностей, в том числе военной службы. Это положение было закреплено подготовленным комиссией постановлением ЦК ВКП(б) «О сектантстве» от 7 апреля 1927 г. Сектантские общины, замеченные в антивоенной пропаганде, распускались ОГПУ по указанию Комиссии по проведению отделения церкви от государства. Комиссия использовала для ослабления сектантских организаций те же методы, которые применялись против православной церкви. Комиссия по проведению отделения церкви от государства препятствовала попыткам объединения сектантских движений. 5 мая 1925 г. она поручила ОГПУ «подобных объединений не допускать». Одновременно проводилось поощрение новых внутренних разделений среди сектантов. Так, 1 октября 1927 г. заслушав вопрос о новом течении в баптизме, комиссия признала существование двух параллельных течений в баптизме целесообразным и разрешила новой группе издание журнала и проведение организационного съезда. В отличие от православной церкви, сектантские объединения сохраняли в 1920 гг. возможность для достаточно широкой издательской деятельности, которая, однако, строго контролировалась. Разрешение на публикацию книги или журнала часто использовалось для оказания давления на руководство религиозного объединения. В июне 1928 г. было решено сократить наполовину как количество религиозных изданий, так и их тираж. В мае следующего года была принята рекомендация прекратить ввоз сектантской литературы из-за рубежа. На особом положении в Комиссии по проведению отделения церкви от государства находились вопросы взаимоотношений с Римско-католической церковью, которые решались во взаимодействии с НКИД. Так, в декабре 1922 г. комиссия дала указание местным органам власти воздержаться от передачи закрытых костёлов другим религиозным общинам или от использования их в хозяйственных целях до завершения переговоров между НКИД и Ватиканом. Комиссия принимала участие в подготовке суда над католическим архиепископом Иоанном (Яном) Цепляком, причём даже выражала в январе 1923 г. неудовольствие, что без её ведома Политбюро приняло ряд решений по этому делу. Смягчение участи архиепископа Иоанна Цепляка обусловливалось «изменениями состава ксёндзов, которые установили бы более нормальные взаимоотношения с советской властью и не вмешивались в политику». Ещё одним из условий, которое выдвигала комиссия, была замена католических священнослужителей-поляков немцами или итальянцами. С лета 1923 г. в центре внимания Комиссии по проведению отделения церкви от государства оказались правовые вопросы деятельности в СССР католических общин, канонические нормы существования которых не соответствовали советскому религиозному законодательству (в частности, положение о выборе священнослужителей членами общин, а не о назначении его вышестоящей церковной структурой). Поскольку в то время у руководства Советского государства существовали определённые планы на международное сотрудничество с Ватиканом, Политбюро постановило выработать компромиссное решение этого вопроса.