После продолжительных согласований 11 декабря 1924 г. комиссия совместно с НКИД представила Политбюро проекты статуса католического вероучения и основных положений о католическом вероучении в СССР. Согласно этим документам, Римско-католическая церковь получала особое правовое положение. Ватикан сохранял право назначения клириков в католические приходы, но должен был согласовывать их кандидатуры с НКИД. Все сношения католической иерархии СССР с папской курией также должны были идти через НКИД. В январе 1925 г. были начаты длительные и малоуспешные переговоры с Ватиканом по поводу статуса и положения о вероучении католической церкви в СССР. В августе 1926 г. Комиссия по проведению отделения церкви от государства, НКИД и НКЮ, обсудив ход переговоров с католиками, признали целесообразным их продолжение, однако они закончились безрезультатно. Ислам был на периферии интересов комиссии, которая первоначально ограничивалась в этой сфере сбором информации. При этом она высказывалась за «самые осторожные формы» ведения среди мусульман антирелигиозной пропаганды и главные надежды возлагала на переход руководства мусульманских религиозных объединений к поддерживавшим советскую власть лидерам. Докладывая в Политбюро о состоявшемся в июне 1923 г. в Уфе втором Всероссийском съезде мусульманского духовенства, Комиссия по проведению отделения церкви от государства отмечала принятие «ряда резолюций обновленческого характера» (прежде всего, декларации о солидарности с советской властью, об осуждении колониального угнетения мусульманских народов и т.п.). После съезда активно развернулась регистрация мусульманских религиозных общин, был официально зарегистрирован устав Центрального духовного управления мусульман (ЦДУМ) РСФСР, ему было разрешено издание журнала. Комиссия поддержала поднятый мусульманским духовенством вопрос о разрешении преподавания основ вероучения несовершеннолетним с 14 лет (что противоречило советскому законодательству). 10 ноября 1923 г. Политбюро согласилось с Комиссией по проведению отделения церкви от государства в отношении разработки законопроекта «О допущении в некоторых частях СССР организации мусульманских духовных школ» (подобное правило действовало и в отношении католических конфирмационных школ, в то время как преподавание несовершеннолетним основ православного вероучения считалось уголовным преступлением). Впоследствии происходит постепенный отход от практики лояльного отношения к исламу как к «религии бывших угнетенных наций». Поводом к ужесточению политики стал третий Всероссийский съезд мусульманского духовенства в октябре-ноябре 1926 г., который высказал пожелания о возвращении верующим бывших зданий медресе и мектебе, о религозном обучении детей с 10-летнего возраста, об организации при Духовном управлении типографии, о разрешении выступлений в печати против атеизма. Результаты мусульманского съезда были оценены Восточным отделом ОГПУ как организованное наступление на позиции советской власти. В январе 1927 г. Оргбюро ЦК приняло решение о недопустимости использования мусульманским духовенством съездов, конференций и курсов по переподготовке мулл «в контрреволюционных целях».