В то же время Оргбюро по-прежнему настаивало на осторожности в антирелигиозной агитации среди мусульман. Все редакционные статьи в местной прессе по борьбе с исламом необходимо было согласовывать с Комиссией по проведению отделения церкви от государства. 27 апреля того же года Оргбюро выпустило резолюцию «О мусульманском религиозном движении»; комиссии было поручено разработать предложения по антирелигиозной работе в Средней Азии и на Северном Кавказе с учётом особенностей этих регионов. Принятие постановления Политбюро «О мерах борьбы с мусульманским религиозным движением» 18 августа 1927 г. означало, что ислам в СССР был окончательно лишён привилегированного статуса. Иудаизму при наличии в 1920 гг. в партийно-государственном аппарате специализированных органов по работе с еврейским населением Комиссия по проведению отделения церкви от государства не уделяла большого внимания. Комиссия исходила из того, что «связь этого духовенства с буржуазией выражена более отчётливо, чем в других религиозных организациях». В целом поддерживалась кампания по закрытию «по просьбам трудящихся» хоральных синагог и превращению их в рабочие клубы, несмотря на многочисленные протесты религиозных общин. В отчёте Политбюро в сентябре 1923 г. Комиссия по проведению отделения церкви от государства отмечала трудности работы с еврейским духовенством «ввиду отсутствия в иерархической организации какого-нибудь связующего центра». Однако попытки еврейских религиозных общин сформировать организационные структуры пресекались властями. Так, в 1926 г. был распущен исполнительный комитет Раввинской конференции в городе Коростень. В мае 1927 г. комиссия дала разрешение на проведение Всероссийского еврейского религиозного съезда, который, однако, так и не состоялся. В июне того же года был арестован и позднее выслан из СССР любавичский ребе Йосеф Ицхок Шнеерсон. Во второй половине 1920 гг. комиссия занималась, в основном, текущей работой по взаимодействию с религиозными организациями, контролем над их деятельностью, общими вопросами антирелигиозной агитации и пропаганды (председатель комиссии Е.М. Ярославский в апреле 1925 г. стал главой «Союза безбожников» (с 1929 г. – «Союз воинствующих безбожников»)). Заседания в это время проводились, в среднем, раз в месяц, т.е. значительно реже, чем в начале существования комиссии. 13 октября 1928 г. в состав Комиссии по проведению отделения церкви от государства дополнительно вошли нарком иностранных дел Георгий Васильевич Чичерин, нарком внутренних дел Владимир Николаевич Толмачёв, глава Главного управления по делам литературы и издательств (Главлит) Наркомпроса Павел Иванович Лебедев-Полянский, представители Агитпропа ЦК ВКП(б) Ян Эрнестович Стэн и Семён Маркович Диманштейн, а также Василий Никифорович Ральцевич, Александр Тимофеевич Лукачевский, Фёдор Максимович Путинцев и Иннокентий Николаевич Стуков от Центрального Совета «Союза безбожников». В мае 1929 г. состав комиссии пополнили нарком просвещения Анатолий Васильевич Луначарский и заместитель заведующего Агитпропом Б.С. Ольховский.