Ещё несколько канонических вопросов, которые рассматривал Фома Каэтан, были посвящены тематике брака и папской власти в отношении заключения и расторжения брака. В июне 1507 г. на капитуле в Павии генеральным магистром доминиканцев был избран духовник короля Людовика XII Жан Клере. Сразу же после капитула Жан Клере совершил короткий визит в Рим и попытался заручиться поддержкой Фомы Каэтана. 6 июля 1507 г. Жан Клере назначил Фому Каэтана генеральным викарием шести итальянских провинций Ордена, передав ему все полномочия по управлению ими и оставив за собой лишь право утверждать провинциалов. Через два месяца после избрания, 10 августа 1507 г., Жан Клере скончался в Павии (по утверждению многих современников, он был отравлен). 20 августа 1507 г. папа Юлий II по предложению кардинала Оливьеро Караффы назначил Фому Каэтана генеральным викарием доминиканцев, поручив ему управление Орденом до избрания нового генерального магистра; 1 сентября того же года Фома Каэтан приступил к исполнению своих обязанностей. 10 июня 1508 г. в церкви Санта-Мария-сопра-Минерва, в то время главном римском храме Ордена доминиканцев, под почётным председательством кардинала Оливьеро Караффы, представлявшего интересы папы, собрался генеральный капитул для избрания нового генерального магистра Ордена. По свидетельству современников, среди провинциалов Ордена были противники кандидатуры Фомы Каэтана. Однако, видя непреклонность кардинала Оливьеро Караффы, желавшего видеть генеральным магистром Фому Каэтана, провинциалы были вынуждены уступить (с целью исключить любое последующее недовольство в актах капитула было специально указано, что Фома Каэтан избран «канонично и единодушно»). Управляя Орденом в течение последующих десяти лет, Фома Каэтан проявил себя как деятельный и способный администратор. Он регулярно совершал пастырские и инспекционные поездки по городам и монастырям Италии, дважды (в 1513 и 1515 гг.) собирал генеральный капитул для решения насущных вопросов внутренней жизни Ордена. О масштабе деятельности Фомы Каэтана и многочисленных сложностях, с которыми он сталкивался, свидетельствует его официальная переписка. По обычаю того времени, краткий синопсис содержания каждого из отправляемых Фомой Каэтаном по делам Ордена писем и распоряжений вносился секретарями в специальный регистр, где все записи распределялись по провинциям Ордена, к которым относился соответствующий документ. Сохранилась и опубликована первая часть регистра писем Фомы Каэтана, охватывающая период с 1508 по 1513 гг. и содержащая информацию о более чем 4 тыс. писем и распоряжений; вторая часть регистра (с 1513 по 1518 гг.) была утрачена вскоре после смерти Фомы Каэтана. Как и многие генеральные магистры до него, Фома Каэтан был вынужден считаться с той сложной ситуацией, в которой структуры Ордена оказались к начале XVI в. Во многих монастырях к этому времени монашеский устав не исполнялся. Богатые обители добивались от пап многочисленных послаблений (диспенсаций), благодаря которым их насельники получали возможность не придерживаться строгих норм воздержания и монашеской дисциплины.