Чудеса святого, записанные в 1620–1670 гг., связаны с жителями деревень монастырской округи, упоминаемыми в актах и переписных книгах. Так, Иван Шмыхин в 1648 г. значился бобылём и проживал в келье на церковной земле Введенского погоста волости Тихменга (Российский государственный архив древних актов). Одно из чудес повествует, как Иван Шмыгин пытался украсть казну Челмогорского монастыря. Когда он, выжидая удобного момента, прятался неподалёку от обители, к нему подошёл монах в одеждах багрового цвета и обличил крестьянина. В страхе Иван Шмыгин вернулся домой и рассказал о своём греховном намерении соседям. Множество чудес повествует об исцелениях от болезней. Например, Тарасий из деревни Орлово долго болел: вся правая сторона его тела усохла, он не мог двигаться. Во сне ему явился Кирилл и велел отслужить молебен в Богоявленском храме у гробницы. В обещание исцеления святой прикоснулся горящей щепкой к плечу больного. Утром Тарасий показал жене и детям ожог на плече и велел отвезти его в монастырь. Здесь, у гробницы святого, Тарасий полностью исцелился. В рукописях исследователи встречают службу Кириллу (Библиотека Академии Наук, XIX в., – из библиотеки Выголексинского общежительства), отдельно тропари и кондаки (Библиотека Академии Наук, XVIII в.; Российская национальная библиотека, XIX в., и др.). К.А. Докучаев-Басков атрибутировал службу Кириллу священнику Иоанну, автору Жития, и обратил внимание на зависимость её текста от службы преподобному Александру Свирскому (служба Кириллу включена в Служебную Минею). Описание образа святого появляется в иконописных подлинниках последней четверти XVII в. (Библиотека Академии Наук, под 1 июля; Институт русской литературы и искусства, без указания дня памяти). 7 марта память Кирилла указана в «Алфавите российских чудотворцев» монаха-старообрядца Ионы Керженского вместе с памятью преподобных Кирилла Вельского и Кирилла Вологодского. Здесь же помещено описание образа святого: «Надъсед, власы не с ушей, брада подоле Сергиевой, мантия краткая, ряска зеленая» (Ярославский музей-заповедник, 1813–1819 гг.). Мощи Кирилла покоились под спудом в Богоявленском храме Челмогорского монастыря. Храм несколько раз перестраивался или строился заново. Последний, каменный храм был заложен в 1818 г., освящён в 1823 г., строительство велось на деньги каргопольского купца М.Н. Лыткина. Рака над мощами Кирилла была устроена в 1839 г. на средства М.М. Лыткиной, позднее была украшена серебряным ростовым изображением преподобного. В 1917 г. в Петрограде открылось подворье Челмогорской Кирилловской Богоявленской пустыни, в следующем году здесь освятили часовню во имя Кирилла и священномученика Ермогена. В качестве местночтимого святого Кирилл назван в составленном архиепископом Сергием (Спасским) официальном «Верном месяцеслове всех русских святых, чтимых молебнами и торжественными литургиями» (М., 1903 г.), где указаны все канонизированные к тому времени русские святые. Имя Кирилла вошло в Собор Карельских святых (празднование установлено в 1974 г.), Собор Новгородских святых (празднование возобновлено в 1981 г.; Собор известен с около 1831 г.). С именем Кирилла в Челмогорском монастыре были связаны пещера святого и древняя икона Успения Божьей Матери, которая находилась в монастырской деревянной Успенской церкви (начала XIX в.) до закрытия Челмогорской пустыни в начале 1930 гг. (в 1930 гг. монастырские постройки были разобраны). По преданию, икона была собственностью Кирилла. О вскрытия мощей святого и об их судьбе сведений нет. В настоящее время на территории бывшего монастыря находится часовня над пещерой Кирилла (начало XXI в.), установлен памятный крест. Другой памятный крест установлен в 2005 г. на Пудожском тракте, у поворота к Челмогорскому монастырю. В ближайших к Кирилло-Челмогорскому монастырю деревнях сохраняются предания о святом, местные жители почитают ель и пещеру Кирилла.