Этот Собор низложил ряд епископов, включая Кирилла, Василия Анкирского, Неону Селевкийского (как епископа города, где прошёл неугодный им Собор), а также Константинопольского архиепископа Македония. Для некоторых из этих епископов их низложение означало ссылку; но в отношении Кирилла об этом в источниках ничего не говорится. После его очередного низвержения Акакием Иерусалимскую кафедру, по мнению исследователей, занял Ерений. Однако уже в 362 г. все низложенные при императоре Констанции II и отправленные в ссылку епископы были возвращены на свои кафедры указом императора Юлиана Отступника. Исследователи полагают, что среди них был и Кирилл: Сократ Схоластик описывает, как Кирилл произнёс проповедь, обличающую затеянный императором Юлианом Отступником план восстановления иудейского храма в Иерусалиме, а также сразу последовавшие затем чудеса окончательного разрушения остатков этого храма и явления светящихся крестов на одеждах проживавших в городе иудеев. В первые годы правления императора Валента Иерусалимскую кафедру продолжал занимать Кирилл, который после смерти Акакия заявил о приоритете Иерусалима перед Кесарией, поставив на Кесарийскую кафедру своего племянника Геласия, вскоре, впрочем, низложенного. Исследователи полагают, что вместе с ним был низложен и Кирилл, а его место занял некий Иларион, о епископстве которого в Иерусалиме сообщает около 376 г. Епифаний Кипрский. В конце 370 гг. Кирилл был окончательно восстановлен в достоинстве Иерусалимского епископа; тогда же на Кесарийскую кафедру вернулся и Геласий. Указанная дата следует из свидетельства Иеронима Стридонского о том, что Кирилл уже без каких-либо потрясений возглавлял Иерусалимскую церковь на протяжении последних восьми лет своей жизни вплоть до точно датированной кончины 18 марта 387 г. В 381 г. Кирилл принял участие во втором Вселенском соборе, сыграв решающую роль в принятии Никео-Константинопольского Симола веры. На это указывает близкое сходство последнего с символом веры Иерусалимской церкви – как с тем, который реконструируется на основе «Огласительных поучений» Кирилла, так и ещё в большей степени с тем, который цитирует Епифаний Кипрский ещё в 374 г. в качестве исповедания веры «святого града». Особенно сильным влияние Кирилла стало к концу Собора, когда Григорий Богослов покинул Константинополь, Мелетий Антиохийский скончался, а позиция Александрийского епископа Тимофея I была ослаблена тем, что он раньше поддержал Максима, пытавшегося узурпировать Константинопольскую кафедру. Таким образом, начав борьбу за превращение Иерусалимской церкви из рядовой епископии Кесарийской митрополии в одну из ключевых кафедр христианского мира, Кирилл завершил её самым блистательным образом. Тем не менее, несмотря на несомненный вклад Кирилла в утверждение православия и окончательную победу над арианством на втором Вселенском соборе, среди наиболее строгих омоусиан сохранялись, как полагают исследователи, на его счёт подозрения. Этим исследователи объясняют то, что Собору пришлось специально упомянуть о восстановлении Кирилла в качестве предстоятеля Иерусалимской церкви и засвидетельствовать его православие в особом Послании к Римской церкви.