Кирилл был возведён на епископскую кафедру Иерусалима, вероятнее всего, как полагают исследователи, в 348 г. Согласно Иерониму Стридонскому, это произошло после кончины епископа Максима, поставившего в качестве своего преемника не Кирилла, а некоего Ираклия, который был низведён Кириллом из епископского в пресвитерский сан. Сократ Схоластик утверждает, что избрание и поставление Кирилла состоялось ещё при жизни епископа Максима, который был низложен. Как бы то ни было, о самом противостоянии между епископом Максимом и Кириллом сообщают сразу несколько источников. Поставление Кирилла было совершено Акакием вместе с его единомышленником Патрофилом, епископом Скифопольским, и, как полагают исследователи, другими арианствующими иерархами. Акакий был недоволен епископом Максимом, последовательным сторонником никейского учения о единосущии, и, несомненно, надеялся на то, что поставленный им во епископа Кирилл займёт сторону ариан. Однако этого не произошло. Как судят исследователи по сохранившимся сочинениям Кирилла, он никогда не занимал арианскую или околоарианскую позицию, неизменно придерживаясь триадологии никейского исповедания, хотя и от употребления термина «единосущие» он также (за единственным возможным исключением) воздерживался. К недовольству Акакия в отношении его богословских взглядов Кирилла скоро добавился церковно-политический конфликт, связанный со статусом Иерусалима. Этот город в середине IV в. бурно развивался: после разрушения войсками Тита в 70 г. в ходе первой Иудейской войны древняя столица Иудеи находилась в запустении до 130 гг., когда по повелению императора Адриана на её руинах был создан небольшой и не имевший существенного значения город Элия Капитолина. Его епископская кафедра естественным образом оказалась в подчинении у кафедры главного города региона – Кесарии Приморской. Но при императоре Константине I Великом и Елене в Иерусалиме, получившем прежнее название, и его окрестностях в годы епископства Макария началось строительство храмов на местах распятия, воскресения и рождения Христа, был обретён честной Крест Господень. При епископе Максиме главный храмовый комплекс города (см. ст. Гроба Господня (Воскресения Христова) храм в Иерусалиме) был освящён, и Иерусалим стал центром паломничества христиан со всей Римской империи. При Кирилле строительство церквей на св. местах продолжилось, постоянно рос поток паломников, многие из которых оставались в городе надолго или навсегда. Иерусалим снова превращался в центр всего региона, а внимательное отношение к святому граду со стороны христианских императоров ещё больше увеличивало его значение, что было подтверждено седьмым правилом первого Вселенского собора. Это полностью осознавал и Кирилл, постоянно подчёркивавший в своих проповедях и посланиях уникальность и особый статус Иерусалима.