Исследователи считают вполне возможным, что всё это время или в те или иные периоды этих двух десятилетий он находился в городе в качестве предстоятеля какой-либо церковной общины, альтернативной титульной, и тогда решение вопроса о том, кто был епископом Иерусалима в тот или иной момент – предстоятель титульной общины, т.е. еретик (все перечисленные епископы принадлежали к арианствующей партии – омиям), или православный Кирилл, зависит исключительно от интерпретации. Иное объяснение, по мнению исследователей, состоит в том, что промежуточные возвращения Кирилла на кафедру могли быть проигнорированы историками как не вполне легитимные (например, совершившиеся по воле императора, а не Собора) или кратковременные. Единственное описанное в источниках изгнание Кирилла за пределы Иерусалима произошло сразу после его низложения в 357 г. Согласно Феодориту Кирскому, он «отправился в Антиохию, но, найдя этот город без пастыря, переехал в Тарc и жил у епископа Тарсской церкви Сильвана. Узнав о том, Акакий писал к Сильвану и уведомил его о низложении Кирилла, но Сильван, питая уважение к Кириллу и опасаясь народа, который с величайшею любовию внимал учению Кирилла, не возбранял ему служить в церкви». Иерусалимскую кафедру в это время занимал, по мнению исследователей, упоминаемый Иеронимом Стридонским Евтихий. В этот же период Кирилл направил императору Констанцию II апелляцию (не сохранилась), в которой требовал пересмотра своего дела в высшем суде (по мнению исследователей, исходя все из того же убеждения о невозможности для Иерусалимской кафедры быть в подчинении у Кесарийской). Сократ Схоластик неодобрительно отмечает, что Кирилл первым в церковной истории и «вопреки обычаю и церковному правилу» прибег к апелляции к императору. Император Констанций II согласился с изложенными аргументами и постановил повторно рассмотреть дело Кирилла (а также Севастийского епископа Евстафия) Собору епископов. Подходящий повод для созыва Собора как раз представился, поскольку именно в тот момент епископы важнейших городов восточной части империи, в большинстве не желавшие принять никейский термин «единосущие», вступили в острую полемику по вопросу о том, подобен ли Сын Отцу, и если подобен, то в каком смысле. В 357 г. состоялся Собор в Сирмии, принявший определение веры (вторая Сирмийская формула), в котором во избежание споров запрещалось употребление терминов «единосущный» и «подобосущный», но уже в следующем году в Антиохии прошёл другой Собор (с участием в том числе Акакия Кесарийского, а также Аэция и Германикийского епископа Евдоксия), который не просто провозгласил отказ от употребления этих терминов, но и вынес суждение об их неверности. Это вызвало возмущение другой партии, возглавляемой Анкирским епископом Василием, которая настаивала на уместности термина «подобносущный» для описания Сына по отношению к Отцу. Анкирский епископ Василий созвал в 358 г. Собор в Анкире (см. ст. Анкирские соборы), анафематствовавший сторонников богословской терминологии Аэция и всей акакианской партии омиев (впрочем, равно как и термина «единосущие») и провозгласивший единственно верным термином «подобосущие».