В Коломенском уезде располагалось немало вотчин с приходами Патриаршей области, в Епифанском уезде – вотчины с приходами Новгородской и Сарской кафедр. В 1674 г. Собор постановил, чтобы уезды находились в ведении того архиерея, которому подчинялся город – центр уезда. В соответствии с решением Собора в 1675 г. из Рязанской митрополии в Коломенскую епархию перешёл Каширский уезд (Кашира состояла в Коломенской епархии), Венев во имя святителя Николая Чудотворца женский монастырь (город Венёв принадлежал Коломенской епархии). В Рязанскую митрополию из Коломенской епархии поступили город Епифань (десять церквей) и город Гремячий (шесть церквей) с уездами. К Патриаршей области от Коломенской епархии перешли три прихода в Вохонской десятине. Проект отделения от Коломенской епархии епархии с центром в Кашире, рассматривавшийся на Соборе 1681–1682 гг., но не был реализован. 14 марта 1676 г. был предан суду Собора из сем архиереев Коломенский архиепископ Иосиф (1672–1676 гг.) по обвинению в «хульных словах» о царе Алексее Михайловиче и патриархе Иоакиме (Савёлове); архиепископа также упрекали за «жестокие способы смирения», которые он применял в отношении духовенства. Архиерей был признан виновным, запрещён в служении (с сохранением сана) и сослан под надзор в Лисицкий в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастырь под Новгородом. Из «Дела архиепископа Иосифа» исследователи делают вывод, что в XVII в. Коломенскому архиерейскому дому принадлежали помимо деревни Соловцово (двадцать дворов), пустоши Григорьевская и Черносвитова, деревня Каменка и 100 четей пашни на Куликовых полях Епифанского уезда, где располагалась «домовая дача» владыки (исследователи полагают, что решение о переходе Епифанского уезда в Рязанскую епархию было причиной недовольства архиепископа Иосифа московской властью). Основные владения Коломенской кафедры располагались по-прежнему в непосредственной близости от города, в Большом Микулине стане. Исключение составляли сельцо Нащокино (самое отдалённое владение кафедры, в 60 км от Коломны), село Бел-Колодези в Комаревском стане и село Прусы в Похрянском стане; сёла Настасьино, Ивановское и сельцо Рохманово входили в Мещерскую волость. Архиепископу Иосифу в первой половине 1670 гг. подчинялись 300 стрельцов, при архиерейском дворе существовала кожевенная мастерская. В 1682 г. был перестроен (расширен) кафедральный коломенский Успенский собор, при нём возведена каменная колокольня. В 1706 г. в Коломенской епархии было 636 церквей. С начала XVIII в. власти стремились контролировать доходы епископских кафедр, в том числе Коломенского архиерейского дома. Об этом свидетельствует документ, составленный в июле 1716 г. по итогам ревизии Коломенской епархии, которую проводил после смерти епископа Антония (Одиновича) подьячий Монастырского приказа Г. Рыков. В ходе ревизии выяснилось, что архиерей утаивал от Монастырского приказа часть доходов. Указано, что наибольшую прибыль епархиальной казне приносили следующие города: в Московской губернии – Коломна, Кашира, Тула, Венёв, Дедилов, Крапивна, в Киевской губернии – Орёл и Кромы, в Воронежской губернии – Ефремов. В 1716 г. с городов Московской губернии для Коломенского архиерейского дома было собрано 1504 руб. 3 денги, с городов Киевской губернии – 412 руб. 2 денги, с городов Воронежской губернии – 517 руб. 3 денги. Из этих денег 404 руб. 3 деньги были отосланы в Монастырский приказ, 1200 руб. пошли на расходы архиерея (Российский государственный исторический архив).