В начале XVII в. «всё пространство от Упы, Осетра до Протвы состояло в Коломенской епархии». В 1622 г. к Коломенской епархии от Рязанской епархии были присоединены города Тула, Алексин (в 1625 г. отмечен как относящийся к Патриаршей области), Венёв (Городенск), Дедилов, Епифань и Гремячий. Территория Коломенской епархии в южной части охватывала верховья Оки с городами Орлом и Кромами. События Смутного времени не миновали Коломну. В 1604 г. на борьбу с Лжедмитрием I были мобилизованы дети боярские владычных дворов и монастырские слуги. Согласно «росписи», в войско было привлечено 11 детей боярских Коломенского епископа, монастырские слуги Голутвина (семь человек) и Белопесоцкого (семь человек) монастырей. На Соборе 1606 г., созванном из представителей духовенства и бояр для благословения брака Лжедмитрия I с католичкой Мариной Мнишек, Коломенский епископ Иосиф вместе с Казанским митрополитом Ермогеном и некоторыми протопопами выступил с требованием перекрестить Марину. Лжедмитрий I ответил репрессиями: митрополит Ермоген и епископ Иосиф были высланы в свои епархии. В 1608 г. отряд Александра Юзефа Лисовского-Яновича захватил Коломну, разорил город и увёл в плен епископа Иосифа. Наряду с другими пленными архиерей был вскоре освобождён под Москвой войсками царя Василия Ивановича Шуйского. В 1610 г. епископ Иосиф не смог помешать присяге жителей Коломны Лжедмитрию II. В первой половине XVII в., после окончания Смуты, был перестроен архиерейский двор в Коломне. О его сооружениях исследователи судят по частично сохранившимся зданиям в составе более поздних построек коломенского Ново-Голутвина во имя Святой Троицы монастыря и по описанию архидиакона Павла Алеппского, который сопровождал Антиохийского патриарха Макария III, который находился в Коломне осенью 1654 г. – зимой 1655 г. Павел Алеппский описывает резиденцию Коломенского епископа как дворец из превосходного камня и дерева со множеством помещений, окружённый деревянными галереями, который соединяли дом с каменной тёплой церковью в честь Покрова Пресвятой Богородицы, построенной «для зимнего времени… тем, первым епископом», под которым, имеется в виду Коломенский и Каширский епископ Павел (1652–1654 гг.). По мнению исследователей, резиденция епископа находилась в бывшем семинарском корпусе Ново-Голутвина монастыря (или на его месте), поскольку и сейчас ближайшей к нему церковью является бывшая Покровская церковь, сохранившаяся в составе двухэтажного дома недалеко от колокольни, в северной ограде монастыря. В таком случае современный братский (бывший архиерейский) корпус Ново-Голутвина монастыря – это сооружение, которое архидиакон Павел Алеппский назвал «здание дивана (канцелярии) епископа». Оно описано как каменное и сводчатое, здесь располагалось казнохранилище; исследователи полагают, что здесь находились и тюремные помещения, о которых упоминал Павел Алеппский. К середине XVII в. территория Коломенской епархии была самой маленькой в Русской церкви. По сообщению Павла Алеппского, она была и «беднейшая из всех архиерейских кафедр в стране Московской».