К декабрю 1657 г. к Коломенской епархии относились 11 городов с прилегающими к ним уездами и станами, в епархии действовали 346 церквей и 13 часовен, насчитывалось 94 запустевшие церкви. В Коломне с уездом действовало 48 церквей (из них в Коломне 9 храмов в кремле и 12 на посаде), в Кашире – 79 церквей, в Туле – 75, в Дедилове – 17, в Венёве – 7, в Гремячем – 6, в Епифани – 4, в Крапивне – 9, в Ефремове – 18 церквей и три часовни, в Орле – 22 церкви и четыре часовни, в Кромах – 16 храмов и две часовни, в Соловском уезде – 11 церквей, а также 34 церкви и четыре часовни в других поселениях. Коломенская епархия граничила с Крутицкой, Суздальской и Рязанской епархиями. В 1654 г. Коломенский епископ Павел выступил на Соборе в Москве с критикой богослужебных реформ, начатых патриархом Никоном, за что был лишён кафедры. Епархиальными делами после смещения епископа управлял соборный протоиерей; Антиохийский патриарх Макарий в Коломне рукополагал священников и диаконов. 5 декабря 1657 г. патриарх Никон ликвидировал Коломенскую епархию, её территория была включена в Патриаршую область. Первые земельные пожалования Коломенский архиерейский дом, по свидетельству документов из копийной книги Рязанской кафедры, получил во второй половине XIV в. при князе Дмитрии Донском. По мнению А.Б. Мазурова, четыре близлежащих к Коломне села были получены в 1350 гг. В начале XVI в. у Коломенских епископов появились владения в нескольких слободах на окраинах коломенского посада (у церкви Святой Троицы на Репне, у церкви св. Параскевы Пятницы на Ямках и др.). Согласно писцовой книге 1577/1578 г., в Большом Микулине стане Коломенского уезда у Коломенской епархии было пять сёл, два погоста, одно сельцо, 17 деревень, 26 и третья часть пустыни, девять селищ. Всего же Коломенской епархии принадлежало к этому времени 50 населённых пунктов, не считая пустошей и селищ, как в самом городе, так и в близлежащей округе, в основном не далее 20 км от Коломны. В 1538 г. при описании Коломенского уезда некоторые владения Коломенской епархии были включены «в чёрные дворы в тягло». После обращения епископа Вассиана (Топоркова) к великому князю Ивану IV (от имени которого в то время правила Боярская дума) Коломенской епархии 3 августа была выдана великокняжеская тарханно-несудимая грамота, по которой принадлежавшие архиерейскому дому дворы были вновь освобождены от налогообложения; грамота была подтверждена царём следующему Коломенскому епископу Феодосию 17 мая 1551 г. 23 сентября 1627 г. царь Михаил Фёдорович выдал Коломенскому и Каширскому епископу Рафаилу жалованную (подтвердительную) тарханную и несудимую грамоту на слободки и дворы в Коломне, на подворье в Белом городе в Москве, на «домовые» вотчины: село Городище с сёлами и деревнями в Большом Микулине стане, село Прусы в Похрянском стане, село Старое с деревнями в Мещерской волости Коломенского уезда. Грамота не только закрепляла за кафедрой её владения, но и определяла отношения архиерея со светскими властями и центральной властью, с подчинённым духовенством и светскими людьми – Коломенский епископ сам «приказных и всяких чинов людей и крестьян судит во всяких делах». Подтверждено право епископа посылать десятильников для суда и сбора доходов. Всех духовных лиц «во всяких делах и бесчинствах» судил архиерей, его приказные люди и десятильники, т.е. светские люди, «в церковной во всякой чин никто ни в кого не вступаетца» (Российский государственный архив древних актов).