В описании Коломны 1577/1578 г. приводятся данные об около 400 рукописных книгах, хранившихся в городе в составе монастырских и церковных собраний. Кафедральный Успенский собор имел в то время 98 книг, в том числе 31 пергаменную, церковь Воскресения на великокняжеском дворе – 25 книг, в том числе 11 пергаменных. Исследователи обнаруживают и следы владычной библиотеки. В XV–XVI вв. при епископской кафедре, по мнению исследователей, функционировал скрипторий, как и при Старо-Голутвином и Спасском монастырях. Из пергаменных рукописей, переписанных или хранившихся в Коломне, исследователи отмечают лицевой список Жития св. князей Бориса и Глеба, созданный, как поалагают исследователи, в XII в. (не сохранился), на основе которого в XIV в. была написана коломенская икона «Борис и Глеб в житии». Сохранились пять безусловно относящихся к Коломне рукописей, три из них пергаменные: Палея толковая 1406 г. (Российская государственная библиотека), «Лествица» преподобного Иоанна Синайского 1422 г. (Российская национальная библиотека; переписана по заказу Коломенского епископа Амвросия), Евангелие-тетр (1460–1470 гг., до 1473 г., Российская национальная библиотека; принадлежало в 1470 гг. Коломенскому епископу Никите (Семешкову)), и две на бумаге: Пролог на сентябрь-февраль 1481 г. (Российская национальная библиотека) и Евангелие-тетр 1509 г. (Российская национальная библиотека). В 1547/1548 г. в Успенский собор Коломны архимандрит Спасского монастыря Феодосий дал в виде вклада церковный Устав (Исторический музей), содержащий расширенный по сравнению с материалами канонизационного Собора 1547 г. список русских святых. У исследователей есть основания полагать, что в Коломне в 1517 г. была закончена работа над «Повестями о Николе Заразском», которые завершаются повестью о «Коломенском чуде». По гипотезе Бориса Михайловича Клосса, Коломенский епископ Митрофан (1507–1518 гг.) написал в Коломне важнейший памятник «Куликовского цикла» – «Сказание о Мамаевом побоище». Коломенская епархия была восстановлена в прежних границах по решению Большого Московского Собора 1666–1667 гг., поставившего в вину патриарху Никону незаконное извержение из сана Коломенского епископа Павла и разорение Коломенской кафедры. 9 июня 1667 г. во епископа Коломенского был хиротонисан архимандрит Симонова Нового московского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря Мисаил. При этом доимка пошлин с церквей Коломенской епархии за период их принадлежности к Патриаршей области продолжалась до 1676 г. В 1672 г. Коломенская епархия была возведена на степень архиепископии. Исследователи полагают, что на повышение статуса епархии повлияло строительство в её пределах новых городов и храмов в ходе предпринимавшихся в 1660–1670 гг. попыток возобновления засечной черты. Так, в 1670–1671 гг. на юге Коломенской епархии был учреждён Богородицкий уезд, за юрисдикцию над храмами которого до 1675 г. шёл спор между Коломенским и Рязанским архиереями. К 1674 г. в границах Коломенской епархии находились приходы и монастыри других епархий.