27 февраля 1594 г. в Шартре состоялась коронационная церемония. 6 марта герцог Майенский покинул Париж. 22 марта король во главе четырёхтысячного отряда въехал в город через Новые ворота, заранее открытые лигёрским комендантом Парижа Шарлем де Коссе, графом де Бриссак, которому были обещаны маршальский жезл и солидная пенсия. Парижский прево преподнёс Генриху IV ключи от города, находившийся в столице гарнизон испанцев сдался. Король проследовал по традиционному маршруту для торжественных въездов и прибыл на мессу в собор Нотр-Дам. Лигёрам не удалось организовать сколько-нибудь серьёзное сопротивление королевским войскам даже в Латинском квартале, который считался «цитаделью» Католической лиги. 118 лигёров, в том числе проповедник Жан Буше, были изгнаны, остальным объявлялась амнистия. 22 апреля Парижский парламент и Сорбонна торжественно отменили все постановления, принятые против короля; подчинение ему вновь объявлялось обязательным для всех подданных. Вину за тираноборческую агитацию попытались переложить на иезуитов, воспользовавшись тем, что студент иезуитской коллегии Жан Шатель совершил покушение на короля (в январе 1595 г. иезуиты были изгнаны из Франции). Весной 1594 г. были окончены переговоры о сдаче Руана, Гавра, Монтивилье, Понт-Одмера, Труа, Санса, Абвиля, Рьома, Ажена и других городов, выступавших на стороне Католической лиги. После осады (май-июль 1594 г.) королю сдался Лан, затем Шато-Тьерри, Амьен, выступивший против герцога Ш. д'Омаля, лигёрского губернатора провинции, Бове, Нуайон. К концу 1594 г. под власть короля перешла Бургундия. «Отвоёвывая» королевство, Генрих IV вёл боевые действия против Католической лиги в Провансе, Лангедоке, Бретани. В 1595 г. он объявил войну Испании. В том же году французским дипломатам удалось убедить папу Климента VII снять с Генриха Бурбона отлучение от церкви, и представители французского короля от его имени произнесли в Риме формулу отречения от ереси. Сразу после этого на сторону короля перешли герцог Майенский и герцог Карл Гиз, сын убитого Генриха Гиза; совместно с королём они выступили против испанцев, угрожавших в 1597 г. наступлением на Париж. В феврале 1598 г. сдался последний из лигёров – губернатор Бретани Филипп Эмманюэль де Лоррен, герцог де Меркёр. 13 апреля 1598 г. король подписал Нантский эдикт, завершивший религиозные войны во Франции. Гугеноты уравнивались в правах с католиками, им разрешалось занимать государственные должности, в парламентах воссоздавались chambers mi-parties для рассмотрения дел между протестантами и католиками. 2 мая 1598 г. был подписан Вервенский мир с Испанией. Первыми историографами Католической лиги стали её противники. В произведениях Этьена Паскье, Пьера Виктора Пальмы-Кайе, в «Дневнике» парижанина П. де Л'Этуаля, в «Истории своего времени» магистрата Жака Огюста де Ту, а также в «Менипповой сатире» подчёркивались антифранцузский и антикоролевский характер Католической лиги, фанатизм черни, склонной к грабежам и насилию. Позднее во французской королевской историографии Католическая лига также рассматривалась как сугубо негативное явление – мятеж черни, подстрекаемой фанатичными проповедниками или демагогами, за которыми стоял испанский король, щедро оплачивавший руководителей Католической лиги.