Нуждаясь в деньгах, а также в политической поддержке, король созвал Генеральные штаты в Блуа (16 октября 1588 г. – 16 января 1589 г.), однако большинство депутатов оказались под влиянием Католической лиги. Отказав королю в субсидиях, они потребовали заменить на всех постах королевских ставленников лигёрами, нанести решительный удар «еретику Бурбону», ввести Генриха Гиза в состав Королевского совета. Герцог пользовался огромным влиянием. Если не он сам, то его сторонники говорили, что Гизы являются прямыми потомками императора Карла Великого и, следовательно, имеют прав на французский престол не меньше, чем Валуа. 23 декабря 1588 г. по приказу короля герцог Генрих Гиз был убит в коридоре замка в Блуа по пути на заседание Королевского совета. Его брата, кардинала Людовика Гиза, схватили и задушили в темнице. Король сам зачитал на заседании совета список преступлений Гизов, заслуживших суровую кару. Тела убитых сожгли, пепел развеяли над Луарой. Король рассчитывал, что, лишившись лидеров, Католическая лига распадётся, подобно многочисленным аристократическим союзам-клиентелам и партиям той эпохи. Однако этого не произошло. Известие об убийстве Гизов вызвало в Париже взрыв негодования. В церквах проходили поминальные службы. В январе-феврале 1589 г. десятки тысяч парижан, в том числе дети, выходили на улицы для поминовения Гизов. Несмотря на холод, они шли в одних рубахах, босые, со свечами в руках и по команде задували их с криком: «Да загасит Господь так же и династию Валуа!». 7 января 1589 г. Сорбонна издала постановление, которое освобождало подданных от всех присяг, принесённых «тирану Валуа», и признавало справедливой войну против него; подтверждалось право сбора денег для войны с «тираном». Согласно решению Сорбонны от 5 апреля того же года, короля больше не следовало упоминать в молитвах: вместо «pro rege nostro Henrico» («за нашего короля Генриха») употреблялось «pro Christianis nostris principibus» («за наших христианских правителей»). Лигёры восприняли постановления Сорбонны как официальное и исполненное законным образом низложение короля. Парижские эмиссары прибыли в Рим, чтобы получить папское утверждение этих постановлений. В мае 1589 г. папа Римский Сикст V отлучил Генриха III от церкви за убийство кардинала и за союз с еретиком. Радикально настроенные лигёры арестовывали горожан, подозреваемых в связях с королём; была проведена чистка Парижского парламента, некоторые его члены взяты под стражу, имущество бежавших конфисковано; оставшиеся советники издали постановление против короля и возбудили против него судебный иск. Как показало исследование Р. Десимона, активисты парижской Католической лиги не были мелкими ремесленниками, писарями и крючниками, какими их представляли политические противники. Они были вполне респектабельными людьми (купцы, адвокаты, нотариусы, священники), известными, в основном, на уровне своих кварталов. Лигёры выступали против чиновников более высокого уровня, которые, как считалось, монополизировав и сделав наследственными королевские должности, захватили и должности муниципальные.