По мнению сторонников Католической лиги, эти чиновники не имели права возглавлять городскую общину в такое трудное время, ведь они могли изменить делу защиты католической веры так же, как изменяли интересам родного города. Их следовало заменить более достойными людьми, рьяными католиками. Подобное соотношение сил было характерно для многих городов Франции. Была сделана попытка объединить «лигу принцев», парижскую Католическую лигу и подобные союзы, создававшиеся в других городах Франции. Руководство Католической лигой взял на себя герцог Майенский, младший брат убитого герцога Генриха Гиза. В высший орган Католической лиги (Генеральный совет Священного союза) вошли верные ему люди, видные чиновники, представители городов и высшего духовенства. Влияние парижского Совета Шестнадцати в этом органе было ограничено, но герцог не порывал с ним: радикально настроенные сторонники могли ему пригодиться на случай, если бы в руководстве Католической лиги возобладали люди, склонные вести переговоры с королём. Генрих III учредил в Туре парламент в изгнании, в состав которого вошли советники, бежавшие от лигёров. Король примирился со своим наследником, Генрихом Наваррским. Королевским войскам и гугенотским дворянам удалось нанести лигёрам несколько поражений. В июле 1589 г. объединённая 30-тысячная армия двух королей осадила Париж. Однако 1 августа Генрих III был смертельно ранен доминиканцем Жаком Клеманом, который добивался аудиенции у короля под предлогом передачи ему секретных известий от парижских роялистов. Допросить монаха не удалось: стражники убили его на месте. Современные историки полагают, что Жак Клеман действовал по собственным убеждениям, считая Генриха III антихристом. Однако тираноборческие настроения были широко распространены в обществе. К убийству короля призывали многочисленные памфлеты и «летучие листки» («libelles»), распространявшиеся лигёрами. Парижанин Пьер де Л'Этуаль сообщал в дневнике, что 1 января 1589 г. кюре парижской церкви Сен-Жерве убеждал прихожан «употребить всё до последней монетки из своих кошельков и всю до последней капли кровь на то, чтобы отомстить за смерть двух католиков – герцогов Лотарингских». После смерти Генриха III королём Франции был официально объявлен Генрих Наваррский. Сторонники Католической лиги отказались признать его законным правителем и провозгласили королём престарелого кардинала Карла Бурбона под именем Карл X (он находился в плену у Генриха IV). После его смерти в мае 1590 г. предводитель Католической лиги герцог Майенский назначил себя генеральным наместником королевства и короны Франции. Генрих IV достаточно успешно вёл военные действия против Католической лиги, одержал ряд побед, в том числе при Арке (1589 г.) и при Иври (ныне Иври-ла-Батай; 1590 г.). В апреле 1590 г. король осадил Париж и до сентября держал столицу в голодной блокаде. На улицах города проводились процессии монахов, клириков и студентов, вооружённых аркебузами, они перемежали пение религиозных гимнов пальбой в воздух. Лигёры утверждали, что если Париж, этот «новый Иерусалим», сдастся, то падёт католическая вера, а с ней и весь мир.