Российский посол в Константинополе граф Николай Павлович Игнатьев добивался у Высокой Порты поддержки Кирилла II, но османские власти после некоторых колебаний встали на сторону Святогробского братства. Активные действия арабов в поддержку Кирилла II вызвали беспокойство османских властей. 6 декабря 1872 г. губернатор Иерусалима Назиф-паша по приказу, полученному от Высокой Порты, арестовал экс-патриарха и отправил его на пароходе из Яффы в Константинополь. Наиболее активные представители арабского духовенства были по наветам святогробцев заключены в тюрьму, а затем высланы из Палестины. В качестве места ссылки Кириллу II был определён один из Принцевых островов в Мраморном море. Новым патриархом стал Прокопий II (1872–1875 гг.). Архимандрит Антонин (Капустин), принявший сторону Кирилла II, выступал в его защиту в греческой и российской печати и отказывался возглашать за богослужением в Иерусалиме имя нового патриарха. Россия пыталась оказать давление на ИПЦ, наложив секвестр на бессарабские имения Святого Гроба. Часть их доходов была направлена на содержание низложенного патриарха и на поддержку арабского национального движения. Усилия российской дипломатии, в конце концов, привели к компромиссу: патриарх Прокопий II отрёкся от престола, на его место был избран Иерофей (1875–1882 гг.), при котором 22 апреля 1877 г. с Кирилла II было снято отлучение. Отправленная бывшему патриарху мирная грамота вводила его в молитвенное общение с ИПЦ и восстанавливала в звании члена Святогробского братства. После этого доходы с бессарабских владений Святого Гроба были возвращены ИПЦ. Кирилл II скончался через несколько месяцев после продолжительной болезни. Его отпели без особой торжественности и похоронили на подворье Святогробского братства в Неохорионе, пригороде Константинополя. Кирилл II был незаурядным деятелем среди иерархов православного Востока того времени, хотя и ему в условиях турецкого владычества приходилось лавировать между властью султана, церковным лидерством Константинополя и влияниями европейской дипломатии (включая российскую). Василий Николаевич Хитрово так объяснял непоследовательность церковной политики Кирилла II: «Патриарх Кирилл был далеко не гением, ни даже выдающимся человеком, но у него было много здравого разума, и потому он не мог не отдать себе отчёта в положении и в необходимости принять какие-либо действительные меры. Но, с другой стороны, он был чересчур грек, слишком связан с Фанаром, чтоб быть в состоянии оторваться от всех уз, связывающих его, и пойти твёрдо по новой дороге». Наиболее точная характеристика противоречивой личности Кирилла II и его особого значения в истории православного Востока и русско-иерусалимских отношений дана архимандритом Антонином (Капустиным), который в день смерти патриарха записал в дневнике: «Упокоился наконец бедный страдалец, одарённый сильным духом, тонким умом, властным характером, открытым сердцем, глубоким благочестием, неизменным тактом во всём и редкою простотою в обращении. Прибавим к этому его примерное воздержание, его изумительную подвижность и неутомимую деятельность, его нестяжательность, его равнодушие к честям и отличиям, его признательность к благодетелям, его беззаветную благотворительность и его несокрушимое терпение в беде и болезни… Такого Патриарха Иерусалим не дождётся другого».