Упрекали Кирилла II и в отсутствии продуманной программы действий: «...Не имея начальных школ, он открыл сразу высшее учебное заведение, с программой почти русских духовных академий. Для кого? Не для безграмотных арабов и даже не для святогробских монахов. Что делал Кирилл с окончившими с грехом пополам курс Крестной школы? Он разослал их для продолжения образования не в духовные православные академии, а в университеты Парижа, Тюбингена, Лейпцига. И это в то время, пока католическое присутствие росло и укреплялось». Для усиления собственных позиций Кирилл II спешил сделать выпускников богословской школы, возвратившихся из европейских университетов, архимандритами и епископами, не замечая, что они не только не стали поддержкой ему, но и в большинстве своём пополнили ряды недовольных, видевших в патриархе помеху в перераспределении материальных благ и в собственном карьерном росте. Ярким примером вмешательства Константинопольского патриарха и османских властей во внутренние дела Иерусалимского патриархата исследователи считают историю избрания и низложения Синайского архиепископа Кирилла II Византийского. В 1859 г. он вопреки воле Кирилла II Критикоса был рукоположён Константинопольским патриархом Кириллом VII (что являлось неканоничным действием, т.к. Синайская архиепископия входила в юрисдикцию ИПЦ). В 1867 г. решение суда Синода ИПЦ, подтвердившее низложение Кирилла II Византийского монахами-синаитами, было поставлено под сомнение османскими властями и Константинопольским патриархом Григорием VI, к которым апеллировал бывший архиепископ, заявивший о своей неподсудности Иерусалимскому патриарху. И только ходатайство Александрийского и Антиохийского патриархов о том, что «патриарх Иерусалимский по церковным законам имеет право суда над игуменом-архиепископом Синайским, что всё сделанное им по синайскому делу совершенно законно и правильно, и что Константинопольский патриарх, как и всякий другой, не имеет никакого права вмешиваться в это дело», вынудило Высокую Порту отказаться от пересмотра решения Синода ИПЦ. Конфискация имений Святого Гроба в Румынии (к этому времени ИПЦ там принадлежало 24 монастыря с земельными угодьями) князем Александру Кузой (1859–1866 гг.) подорвала экономику Иерусалимского патриархата и поставила его в зависимость от внешней (в первую очередь, русской) финансовой поддержки. Кирилл II и святогробцы неоднократно пытались обжаловать это решение румынских властей, однако их усилия были напрасными. Доходы Иерусалимской патриархии до конфискации составляли примерно 1 млн. руб. Из них около 900 тыс. руб. поступало в бесконтрольное распоряжение патриарха, 100 тыс. руб. – Святогробскому братству. Из своей доли Кирилл II тратил на нужды патриархии около 300 тыс. руб. После конфискации доходы патриарха сократились до 200 тыс. руб., а расходы остались прежними. Доходы Святогробского братства, наоборот, удвоились, в основном, за счёт увеличения числа русских паломников. Ежегодный дефицит в 100 тыс. руб. патриарх периодически пытался покрыть за счёт Святогробского братства. 11 февраля 1847 г. в Иерусалиме была учреждена Русская Духовная миссия в Иерусалиме  (РДМ).