За три месяца до отъезда из Иерусалима архимандрит Порфирий присутствовал при первой проповеди на арабском языке вифлеемского священника Илии из нового училища. При возобновлении РДМ в Иерусалиме после Крымской войны (1857 г.) по решению МИД был повышен её иерархический статус – на пост начальника миссии был назначен епископ Мелитопольский Кирилл (Наумов). Кирилл II встретил без энтузиазма приезд в Иерусалим в январе 1858 г. русского архиерея. Если в письме Андрею Николаевичу Муравьёву он с лицемерием писал, что исполнен «сердечной радости вследствие благополучного принятия присланного Святейшим Синодом иерарха, преосвященного епископа Мелитопольского Господина Кирилла» (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки), то при встрече с архимандритом Порфирием в Константинополе не скрывал обиды: «Ваше Правительство о назначении своего епископа в Иерусалим вело переговоры с Портой, а меня не уведомило заблаговременно, и я уже от Порты узнал ход сего дела; она уже дала мне знать, что ею утверждено пребывание русского архиерея в Св. Граде... Нам больно такое пренебрежение достоинством православного патриарха. Но что делать? Пусть бьют нас по голове! Внезапное посольство русского епископа в Иерусалим привело всех нас в смущение». Отношение Кирилла II к усилению русского присутствия в Палестине и позже было неоднозначным. Так, патриарх ответил отказом на пожелание великого князя Константина Николаевича построить за свой счёт русскую церковь на поле Пастырей в селении Бейт-Сахур, недалеко от Вифлеема, сославшись на неканоничность просьбы и на «строжайшее наставление от визиря не делать русским уступок». Об этом султанском наказе сообщил в отчёте уполномоченный по возведению в Иерусалиме русских построек Борис Павлович Мансуров, когда упомянул, что «Иерусалимский патриарх внезапно отправился в Иерусалим, как он сам публично высказался, “чтобы умерить русского епископа”». По этому поводу митрополит Филарет (Дроздов) писал архимандриту Антонию (Медведеву) 12 мая 1859 г.: «У меня теперь немало сведений с Востока, и большею частию печальные и затрудняющие. Патриарха Иерусалимского долго звали и не могли дозваться из Константинополя в Иерусалим. Вдруг он поднялся и объявил: иду умерить русского епископа... Арабы очень хорошо приняли преосвященного Кирилла и прислали жалобу на Патриарха. Но кто может исправлять патриархов?». Однако со временем епископу Кириллу (Наумову) удалось наладить доброжелательные отношения с Кириллом II и высшим духовенством ИПЦ. Об этом свидетельствует его письмо конца 1861 г.: «Надобно сознаться, что большего внимания, расположения и доверия нельзя было и желать», а позже, когда против него начались интриги с целью отзыва из Иерусалима, епископ Кирилл (Наумов) рассчитывал на заступничество Кирилла II и требовал суда восточных иерархов. Когда Синод своим определением от 19–21 июня 1863 г. отозвал епископа Мелитопольского в Россию, то Кирилл II не только не желал его отъезда из Иерусалима, но и не имел возражений против епископского сана начальника Русской Духовной миссии в Иерусалиме.