По мнению историка И.И. Соколова, Кирилл II довольно скоро сумел «водворить строгую дисциплину в области церковных отношений и подчинить своему авторитету и власти всё Святогробское братство». Его патриаршество совпало с периодом острой борьбы христианских конфессий за обладание св. местами, активной миссионерской деятельности европейцев среди ближневосточных христиан, зарождения и роста арабского национализма. В 1840 гг., когда Кирилл II вступил на патриарший престол, на Святой земле появились представители католической и протестантской иерархии. В 1842 г. в Иерусалим прибыл англиканский епископ Александр, в 1848 г. – латинский Иерусалимский патриарх Иосиф (Джузеппе) Валерга. Патриарх Кирилл II, по мнению исследователей, недооценил эту опасность, т.к., располагая в тот период весьма значительными экономическими и политическими ресурсами, мог бы предотвратить успех прозелитической деятельности западных миссионеров – за 1840–1880 гг. доля православных среди палестинских христиан сократилась с 90 до 67%. В 1852 г. султан под нажимом российской дипломатии издал хатт-и-шериф, подтверждавший древние права ИПЦ на св. места. Указ должен был принять силу закона после официального провозглашения в Иерусалиме, для чего туда из Константинополя был направлен османский чиновник Афиф-бей. На торжественную церемонию провозглашения хатт-и-шерифа в Иерусалим прибыли Кирилл II из Константинополя и К.М. Базили из Бейрута. Но турецкие чиновники (как полагают исследователи, не без санкции или прямого указания Высокой Порты) откладывали церемонию под разными предлогами. В качестве ответного действия Кирилл II воздерживался от участия во всех официальных мероприятиях и даже не отправлял на них своего представителя (Донесение генерального консула К.М. Базили временному поверенному в делах миссии в Константинополе Александру Петровичу Озерову // Неизвестные страницы отечественного востоковедения. М., 2004 г.). В декабре 1852 г. вопреки хатт-и-шерифу Высокая Порта объявила о передаче католикам ключей от Вифлеемского храма и об установлении в пещере Рождества Христова новой серебряной звезды вместо прежней, якобы украденной греками. В знак протеста патриарх демонстративно бойкотировал церемонию публичного оглашения султанских писем и возложения звезды (Мельникова Л.В. «Святые места в центре Восточного вопроса: Церковно-политический фактор как одна из причин Крымской войны» // Отечественная история. 2008 г. №6). Более того, Кирилл II вручил через доверенное лицо официальную ноту протеста иерусалимскому губернатору Хафиз-Ахмед-паше и представителю султана Афиф-бею (Якушев М.И. «Иерусалимский Патриархат и святыни Палестины в фокусе внешней политики Российской Империи накануне Крымской войны» // ППС (телесериал). 2003 г., выпуск 100). В устных заявлениях он обещал, что «не допустит совместного с католиками владения Вифлеемским храмом», и потребовал соблюдения справедливой очерёдности при богослужении в храме Гроба Господня, в пещере Рождества Христова и в Гефсиманском храме в пещере Гробницы Богородицы, чтобы армяне, католики и члены других конфессий совершали богослужения после православных. В результате турецкие власти решительно пресекли попытку латинского Иерусалимского патриарха совершить торжественную рождественскую службу в базилике Рождества Христова.