До вступления Кирилла на патриарший престол все предстоятели ИПЦ назначали себе преемников, и не было случая, чтобы воля почившего первосвятителя не была исполнена. Патриарх Афанасий V перед смертью назначил своим наследником архиепископа Фаворского Иерофея (впоследствии Антиохийский патриарх), который жил в то время при патриархе в Константинополе. Но члены Святогробского братства объявили его «русским ставленником» и обвинили в том, что он будто бы утаил большую часть собранных в России средств. Это привело к конфликту между братством и архиепископом Иерофеем. Константинопольская патриархия сочла этот момент удобным для того, чтобы взять под контроль Иерусалимский престол, присвоив право назначать в Иерусалим патриархов по собственному усмотрению. В результате кандидатура архиепископа Иерофея была отвергнута османскими властями. Российский МИД не стал настаивать на его избрании. На заседании Синода ИПЦ 11–12 января 1845 г. в качестве нового кандидата на патриарший престол был выдвинут архиепископ Лиддский Кирилл. 10 февраля 1845 г. синодальный акт о его избрании был представлен Высокой Порте. Неделю спустя был выдан султанский берат, утверждавший его избрание. Российские дипломаты обратили внимание на Кирилла ещё до его выдвижения на патриарший престол. 27 апреля 1844 г. российский генеральный консул в Бейруте Константин Михайлович Базили на торжественном заседании Синода ИПЦ вручил Кириллу бриллиантовую панагию, присланную в подарок от императора «за устройство монастырей Феодоровского и Екатерининского для русских поклонников». Но избрание после бурной предвыборной кампании на Иерусалимский престол Кирилла, а не «прорусского» архиепископа Иерофея вызвало неоднозначную реакцию российских светских и церковных кругов. Как положено между поместными церквами, Кирилл II отправил в Синод РПЦ известительную грамоту о своём вступлении на патриарший престол и одновременно письмо императору с благодарностью за «ограждение прав и преимуществ Палестинской Церкви». В ответ Николай I велел «изъявить патриарху Кириллу благодарность за преданность его к России и обнадёжить в том, что императорский двор не лишит и впредь Палестинскую Церковь и Патриарший её престол покровительства и защиты». Однако Синод РПЦ, несмотря на положительный отклик императора, не отреагировал на запрос МИД о составлении ответной грамоты Кириллу II. Исследователи полагают, что члены Синода оценивали избрание Кирилла II как результат его не вполне добросовестной игры против «русской» кандидатуры Иерофея. Единственным из иерархов, кто направил приветствие новоизбранному патриарху, был митрополит Московский и Коломенский Филарет (Дроздов). Первая проблема, с которой пришлось столкнуться новоизбранному патриарху, – выбор места постоянного пребывания. Ставшее традиционным проживание Иерусалимских патриархов в Константинополе определялось близостью не только к султанскому двору и Константинопольскому патриарху, но и к главному источнику доходов – имениям в Дунайских княжествах, доставлявшим до середины XIX в. девять десятых всех средств ИПЦ.