В отличие от большинства заурядных и инертных предстоятелей ИПЦ Кирилл II оказался патриархом деятельным и энергичным. Вначале он (как и большинство греческих иерархов) считал своей основной задачей сохранение св. мест Палестины и умножение церковной недвижимости, употребляя на эти цели доходы от святогробских подворий в Молдавии, Бессарабии и Грузии, а также материальные пособия из России. Но под влиянием российской дипломатии и Русской Духовной миссии в Иерусалиме (РДМ), после неоднократных бесед с К.М. Базили и начальником Русской Духовной миссии в Иерусалиме  архимандритом Порфирием (Успенским), направление его деятельности стало постепенно меняться. В 1849 г. Кирилл II дал согласие на устройство в Иерусалиме духовного училища для арабов за счёт средств, собираемых в России в пользу Гроба Господня. В донесении к посланнику В.П. Титову от 1 ноября 1849 г. К.М. Базили сообщал о доставке в Иерусалим собранных в России 6855 руб. серебром. По уверению консула, «патриарх обязывается, сообразно с существующим порядком, употребить сию сумму кроме церковных нужд и на поддержание и развитие училищ своего престола» (Российский государственный исторический архив). Кирилл II лично инспектировал епархии, обустраивал там церкви и открывал школы, препятствуя прозелитической деятельности западных миссионеров. Были созданы «мужская и женская начальные школы в Иерусалиме, школа в Назарете, две школы в Яффе и несколько школ в других городах и сёлах Святой Земли», построено 16 церквей (в том числе в Яффе, Назарете, Лидде, на Фаворе) и восстановлено 11. С 1852 г. Кирилл II выделял из ежегодно получаемых из России пособий суммы на нужды Антиохийского патриархата, в первую очередь, на устройство там учебных заведений. В 1853 г. в монастыре Николая Чудотворца по инициативе Кирилла II была устроена первая в Иерусалиме типография для издания книг как на греческом, так и на арабском языке. Работы в типографии начались в марте 1853 г., первые книги на арабском языке (Апостол и Катехизис) вышли из печати 14 февраля 1854 г. (в течение 60 лет существования типография внесла значительный вклад в духовное просвещение арабского населения). В 1871 г. в Иерусалиме была создана православная больница, которой можно было «похвалиться перед всею Европою. Здание её одно из самых лучших в городе. Аптека её славилась и обилием врачебных материалов, и великодушной щедростью. Медик её – первый авторитет не только в городе, но и во всём крае». В 1864 г. было построено новое здание патриархии в Старом городе. За пределами Иерусалимского патриархата Кирилл II создал школы на родном острове Самос, женскую гимназию и приют в Константинополе, построил здание экзархии Святого Гроба в Афинах. Главным достижением Кирилла II все единогласно признают открытие им в 1855 г. богословской школы в Крестном монастыре, где прошли пастырскую подготовку несколько поколений палестинского духовенства. Просветительные и гуманитарные достижения Кирилла II по-разному оценивались в литературе. Такой авторитетный знаток православного Востока, как архимандрит Антонин (Капустин), говорил о нём в самых восторженных тонах («последний из великих патриархов», «мученик за правду» и т.п.). Авраам Сергеевич Норов сравнивал Кирилла II с «великими святителями древней Церкви», тогда как известный богослов и личный врач султана Стефан Каратеодори называл патриарха «невеждой, хотя и с деловой хваткой», а Вифлеемский митрополит Дионисий – просто «неучью».