Год спустя на Святую землю приехал начальник РДМ архимандрит Порфирий (Успенский). Патриарх встретил его тепло и радушно, отчасти потому, что К.М. Базили «внушил патриарху, что мы будем состоять под священноначалием его». Однако забота патриархии о Русской Духовной миссии в Иерусалиме  носила формальный характер. Прежде всего, встал вопрос о размещении Русской Духовной миссии. Сначала патриарх предоставил ей кельи Константино-Еленинского монастыря, которые он занимал, когда ещё был архиепископом Лиддским. 16 августа 1848 г. патриарх и Синод благословили Русскую Духовную миссию в Иерусалиме  переехать в монастырь св. Архангелов, перестроенный для сезонного размещения паломников. Это здание было крайне неудобным, в связи с чем архимандрит Порфирий предложил построить для миссии особый флигель. Кирилл II обещал безвозмездно «сделать всевозможно лучшие покои для русского духовенства и отдал под них прекрасное место в своём саду». Архимандрит Порфирий предполагал, что за это «безвозмездное» строительство Синод РПЦ должен выплачивать Иерусалимской патриархии по 2 тыс. руб. в год в течение шести лет. Русское посольство в Константинополе дало согласие (30 января 1850 г.), но Синод РПЦ смутила сумма в 12 тыс. руб. (6 октября 1850 г.). Весной 1852 г. К.М. Базили решился напомнить Кириллу II о постройке обещанного дома. Патриарх сослался на турецкое правительство, которое якобы не позволяло расширять монастырь. Тогда патриархии было предложено уступить фиктивно на 15–20 лет яффскому вице-консулу Николаю Степановичу Марабути пустовавшее место к югу от монастыря св. Архангелов и на нём возвести здание на русские средства. Однако «интерес греческой Патриархии был не допустить РДМ до собственного помещения, потому что, пока его не было, Миссия была только гостьею Патриархии и более ничего». Поэтому Кирилл II на словах одобрил представленный архимандритом Порфирием план постройки и эскиз его фасада (хотя вскоре он решил «сократить и привести их в более укромный вид»), но отказался «великодушно» от каких-либо русских денег, «почитая членов Русской Миссии своими, а не чужими» и даже «обидевшись» на попытку российской стороны требовать от патриархии какого-либо документа типа контракта на постройку. В августе 1852 г. было получено визириальное письмо из Константинополя с разрешением на строительство. Но 8 октября 1852 г. архимандрит Порфирий уведомил Синод РПЦ, что Кирилл II, возвратившись в Иерусалим для присутствия на оглашении хатт-и-шерифа, договорился с К.М. Базили вместо строительства нового дома отремонтировать здание на противоположной монастырю св. Архангелов стороне улицы. Оно должно было быть готово после Пасхи 1853 г. Тем не менее, строительство не было завершено и к началу Крымской войны (члены Русской Духовной миссии в Иерусалиме  покинули Святую землю в связи с войной в мае 1854 г.). Только в 1858 г. дом, получивший наименование Порфирьевский, был использован для размещения нового состава Русской Духовной миссии в Иерусалиме. В соответствии с обещанием, данным Кириллом II архимандриту Порфирию, 14 июня 1849 г. было открыто греко-арабское духовное училище для сельских священников, и начальник Русской Духовной миссии в Иерусалиме  стал эфором (попечителем) всех патриарших учебных заведений.